今年5月,浙江大学医学院附属邵逸夫医院章仲恒教授团队综合单细胞RNA-seq和BulkRNA-seq分析探索了UTI对脓毒症的潜在机制。该研究结果已以论文《Integrated Single Cell and Bulk RNA-Seq Analysis Revealed Immunomodulatory Effects of Uli...
METAFlux可以根据bulk RNA-seq和scRNA-seq数据预测癌症代谢通量,以解决这些分析空白。METAFlux能够以nutrient-aware的方式使用癌症基因表达数据来表征整个代谢回路并输出non-degenerative通量。对于scRNA-seq 数据,METAFlux还检查TME中细胞类型之间的代谢异质性和相互作用。 METAFlux工作流程 METAFlux的性能测试 开发团队利用细胞...
在这项研究中,研究者们先基于传统的组织总RNA(bulk RNA)测序数据确定了参与 IVD变性的特定类型的免疫细胞并筛选了相关的Hub基因;而后通过公共单细胞测序数据(scRNA-seq)分析揭示了 NP细胞簇中Hub基因的表达模式;此外,还收集了一些临床样本探索了Hub基因的预后价值。 揭示免疫浸润景观并识别腰椎间盘突出症的诊断生物...
Therefore, we integrated single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing data to select diagnosis and prognosis biomarkers for CRC.#The CRC scRNA-seq dataset was used to describe the cellular landscape of normal intestinal mucosa, adenoma and CRC and to further select epithelium-specific clusters...
单细胞测序是一种高通量技术能够研究细胞异质性和细胞间相互作用,很多研究正在通过分析肿瘤细胞和免疫细胞相互作用来预测患者对免疫治疗的反应来个性化治疗。所以该研究对从LUAD样本中获得的scRNA-seq和bulk RNA-seq数据进行全面评估,旨在辨别T细胞标记基因并建立预后特征,并通过GEO队列进一步验证该特征的预测能力。
要了解每个细胞在局部群落中的作用,测量上述信使分子的表达及相关通路是了解细胞通讯方向性、大小和生物学相关性的基础。由于单细胞转录组(Single Cell RNA-seq,scRNA-seq)能剖析单个细胞内基因的表达、功能、鉴定出介导CCIs的蛋白质的细胞类型来源,细胞通讯研究因此得以迅速发展。
本期分享一篇整合单细胞和bulk-RNA seq数据分析的文章,揭示了抗原呈递和过程中的肿瘤相关成纤维细胞,并建立了前列腺癌的预测特征模型。文章于2024年1月发表于《Journal of Translational Medicine》,通讯作者为上海交通大学的韩邦旻教授,标题“Integrating single-cell and bulk RNA sequencing data unveils antigen presenta...
首先,结合scRNA-seq数据中来自肿瘤相关簇的1225个标记物和bulk RNA-seq数据中来自“蓝色”模块的5766个基因,提取了243个共有基因用于预后模型构建。 然后,243个共有基因作为输入,结合LASSO Cox回归分析和多因素Cox回归分析得到14个潜在的预后基因,开发预后模型并计算风险评分,并用验证集进行验证。
Integrated single-cell and bulk RNA-seq analysis identifies a prognostic T-cell signature in colorectal cancer ArticleOpen access Introduction Colorectal cancer (CRC) is a prevalent and life-threatening malignancy on a global scale, characterized by considerable morbidity and mortality. Projections for 20...
Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq reveals immune suppression subtypes and establishes a novel signature for determining the progn... Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq reveals immune suppression subtypes and establishes a novel signature for ...