1.1 Bulk RNA和Single-cell RNA测序数据获取、处理及差异基因筛选 借助GEO数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ gds/)以“age-related macular degeneration”“AMD”作为检索词,种属选择“human sapiens”,查找下载Bulk RNAseq数据集GSE...
今年5月,浙江大学医学院附属邵逸夫医院章仲恒教授团队综合单细胞RNA-seq和BulkRNA-seq分析探索了UTI对脓毒症的潜在机制。该研究结果已以论文《Integrated Single Cell and Bulk RNA-Seq Analysis Revealed Immunomodulatory Effects of Uli...
在这项研究中,研究者们先基于传统的组织总RNA(bulk RNA)测序数据确定了参与 IVD变性的特定类型的免疫细胞并筛选了相关的Hub基因;而后通过公共单细胞测序数据(scRNA-seq)分析揭示了 NP细胞簇中Hub基因的表达模式;此外,还收集了一些临床样本探索了Hub基因的预后价值。 揭示免疫浸润景观并识别腰椎间盘突出症的诊断生物标...
图1. TRUST4在整体RNA-seq数据上的应用 (a) TRUST4概览 (b) MiXCR、CATT、TRUST3和TRUST4从模拟RNA-seq数据中报告的TRB CDR3数量 (c) 以BCR-seq结果为金标准,六个整体RNA-seq样本的精确度和召回率 (d) 通过对SMART-seq数据进行分组创建的伪整体RNA-seq数据上,评估TRUST4和MiXCR组装的全长V、CDR3和J序...
Single-cell RNA sequencingTumor microenvironmentDiagnosisPrognosisThe potential role of epithelium-specific genes through the adenoma-carcinoma sequence in the development of colorectal cancer (CRC) remains unknown. Therefore, we integrated single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing data to select ...
为了探索差异基因的免疫作用,作者通过整合来自三阴性乳腺癌的单细胞和bulk RNA-seq数据,最终确定了106个与免疫过程相关的关键lncRNAs和mRNAs。 图2、鉴定三阴性乳腺癌肿瘤细胞和特殊的分化状态 此外,基于LASSO-COX预后模型,作者系统地鉴定了与三阴性乳腺癌生存率显著相关的5个lncRNAs和6个mRNAs.免疫相关的11 个lncRNA...
它从单细胞RNA测序(scRNA-seq)中建模先验(cell type-specific expression profiles)的模块。通过对肿瘤(或非肿瘤)样本的批量RNA测序表达进行分析,deconvolution模块可以共同估计细胞类型组成的后验分布和细胞类型特异性基因表达的后验分布。Embedding learning module则是一个使用期望最大化(Expectation-maximization, EM)...
今天小编和大家分享一篇22年11月发表在Frontiers in Immunology(IF:8.786)杂志的文章《Identification and validation of a signature based on macrophage cell marker genes to predict recurrent miscarriage by integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing》。作者通过单细胞和bulk RNA测序的联合分析,...
首先通过scRNA-seq数据中的聚类分析来鉴定参与HF的髓系细胞,以识别细胞类型,比较不同组之间的细胞组分,并使用大量RNA-seq数据进行基因集富集分析(GSEA)。 然后,分析了各组骨髓细胞的差异表达,并使用Metascape探索了这些基因在差异表达中的功能。 对细胞相互作用的进一步分析表明,MIF信号通路中的分子在HF中显着上调,并...
Single-cell RNA sequence data from 6 samples were analyzed while studying the GSE188711 (including 19,872 CRC cells) dataset for CRC. The “Seurat” R package122was utilized to construct S4 objects, and then the “Harmony” R package123was used to integrate data from multiple samples. To en...