1、ssGSEA 单样本基因集富集分析(single sample gene set enrichment analysis, ssGSEA),原理上与GSEA类似,不同的是GSEA 主要用于检测不同实验组(如实验组和对照组)之间基因集富集差异,而ssGSEA将样本内基因表达谱进行归一化处理,然后计算每个基因集对应的ssGSEA得分。通过这种方式,ssGSEA将单个样本的基因表达谱转换...
第六步,Using the integrated data, the single cells were classified according to their bulk RNA-seq counterparts, using the LogisticRegression function, specifying the liblinear solver, from the sklearn module in R via Reticulate.依据bulk的数据对单细胞进行数据划分(也就是定义),这里涉及到一些算法,py...
Bulk RNA-seq analysis also demonstrated the heterogeneity of immune cells, and the γδT-score was positively associated with inflammatory response and negatively associated with MYC stemness. Eight γδT cell-related hub genes (GTRGs), including ITGAE, IKZF3, LSP1, ...
本期分享一篇整合单细胞和bulk-RNA seq数据分析的文章,揭示了抗原呈递和过程中的肿瘤相关成纤维细胞,并建立了前列腺癌的预测特征模型。文章于2024年1月发表于《Journal of Translational Medicine》,通讯作者为上海交通大学的韩邦旻教授,标题“Integrating single-cell and bulk RNA sequencing data unveils antigen presenta...
背景:目前大多数关于非小细胞肺癌(NSCLC)预后模型构建的研究仅涉及批量RNA-seq数据,而没有整合单细胞RNA-seq(scRNA-seq)数据。此外,大多数预后模型都是由预测基因构建的,忽略了其他预测变量,如临床特征。
单细胞测序是一种高通量技术能够研究细胞异质性和细胞间相互作用,很多研究正在通过分析肿瘤细胞和免疫细胞相互作用来预测患者对免疫治疗的反应来个性化治疗。所以该研究对从LUAD样本中获得的scRNA-seq和bulk RNA-seq数据进行全面评估,旨在辨别T细胞标记基因并建立预后特征,并通过GEO队列进一步验证该特征的预测能力。
Integrated analysis of single-cell and bulk RNA-seq establishes a novel signature for prediction in gastric cancer Single-cell sequencing technology provides the capability to analyze changes in specific cell types during the progression of disease.However,previous sing... F Wen,X Guan,HX Qu,......
背景:目前大多数关于非小细胞肺癌(NSCLC)预后模型构建的研究仅涉及批量RNA-seq数据,而没有整合单细胞RNA-seq(scRNA-seq)数据。此外,大多数预后模型都是由预测基因构建的,忽略了其他预测变量,如临床特征。 方法:从GEO数据库获得scRNA-seq数据,从TCGA数据库获得bulk RNA-seq数据。文中通过 LASSO 和 Cox 回归构建了...
本期分享一篇整合单细胞和bulk-RNA seq数据分析的文章,揭示了抗原呈递和过程中的肿瘤相关成纤维细胞,并建立了前列腺癌的预测特征模型。文章于2024年1月发表于《Journal of Translational Medicine》,通讯作者为上海交通大学的韩邦旻教授,标题“Integrating single-cell and bulk RNA sequencing data unveils antigen presenta...
与之对应的是single cell RNA-Seq,后面也会有类似文章。 参考:https://github.com/xuzhougeng/Learn-Bioinformatics/ 作业:RNA-seq基础入门传送门 资料:RNA-seq Data Analysis-A Practical Approach(2015) Bioinformatic Data Skill biostar handbook A survey of best practices for RNA-seq data analysis ...