需要具体查看原始数据来源于什么研究的可以参考以下链接: github.com/griffithlab/ 1、预备工作 准备初始数据放在RNA-Seq目录下,命名为`1.rawdata`。 cd ~ mkdir RNA-seq cd RNA-seq 2、FastQC FastQC是一款基于Java的软件,它可以快速地对测序数据进行质量评估。 FastQC会生成一个html结果报告,下载到本地查看即可...
今天给大家介绍的就是这篇发表在《Frontiers in Genetics》上题为"Integrated analysis of bulk and single-cell RNA sequencing reveals the interaction of PKP1 and tumor-infiltrating B cells and their therapeutic potential for nasopharyngeal carcinoma"的文章,IF=4.8。作者在文章的Acknowledgement也是对我们进行了...
进入CellPress官网后(https://www.cell.com/),我在部分期刊中对近5年基于RNA-seq的GSVA富集图进行了检索。 然后开启手动筛选模式,最后汇总出下面一张图: 可以看出,GSVA最终的呈现形式与分析差异基因的呈现形式类似,可以理解为分析差异基因集!可视化形式多样化,涉及热图、火山图、气泡图、条形图、柱状图等。 三、GSV...
Bulk RNA-Seq转录组学习 与之对应的是single cell RNA-Seq,后面也会有类似文章. 参考:https://github.com/xuzhougeng/Learn-Bioinformatics/ 作业:RNA-seq基础入门传送门 资料:RNA-seq Data Analysis-A Practical Approach(2015) Bioinformatic Data Skill biostar handbook A survey of best practices for RNA-seq...
题目:Integrative Analysis of Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data Reveals Cell Types Involved in Heart Failure期刊:Front Bioeng Biotechnol.(Q1 IF:5.7) 日期:05/January/2022 DOI:https://doi.org/10.3389/fbioe.2021.779225 心力衰竭(HF)是一种慢性进行性综合症,死亡率很高。HF是一种严重的心功能障...
METAFlux是什么? METAFlux可以根据bulk RNA-seq和scRNA-seq数据预测癌症代谢通量,以解决这些分析空白。METAFlux能够以nutrient-aware的方式使用癌症基因表达数据来表征整个代谢回路并输出non-degenerative通量。对于scRNA-seq 数据,METAFlux还检查TME中细胞类型之间的代谢异质性和相互作用。
Bulk RNA-Seq转录组学习 与之对应的是single cell RNA-Seq,后面也会有类似文章. 参考:https://github.com/xuzhougeng/Learn-Bioinformatics/ 作业:RNA-seq基础入门传送门 资料:RNA-seq Data Analysis-A Practical Approach(2015) Bioinformatic Data Skill biostar handbook A survey of best practices for RNA-seq...
昨天老师发给我一篇生信女神Shirley Liu的文章,看了里面的内容之后感觉很兴奋～它可以不做免疫组测序,直接从Bulk RNA-seq或者scRNA-seq里面重构得到免疫组的信息。 中文翻译 文章要点 Although less sensitive than TCR-seq and BCR-seq, TRUST is able to identify the abundantly expressed and potentiallymore clona...
再者说,scRNA-seq比Bulk RNA-Seq更加的稀疏,将前者模拟为后者参与差异计算,其实也没那么科学。当然,审稿人的观点也不是全无道理,若能够通过不同的算法得到相同的差异基因结果,的确有较高的说服力。 二、pseudo-bulk差异分析走起 测试文件可以自行下载: