建立索引。bowtie2-build是bowtie2建立索引的常用的指令， -f指定要索引文件后，再给予索引的名称。参考基因组通过bowtie2-build指令在Index文件中的索引文件的前缀，此前缀不包含索引文件的.1.bt2/.rev.1.bt2/etc.bowtie2等。
bowtie2-build的使用 1.build index database use bowtie2 bowtie2-build -f genome.fasta genome -f 为参考基因组genome.fasta Genome为文件索引
bowtie2-build-s_undefinedsymbol_ _ZN3tbb10interface78internal15task_arena_base19internal_initializeEv 我安装指定版本的tbb可以解决我的问题。 conda install tbb=2020.2 做个小更新,这个错误也可以用上面的方式解决 bowtie2-align-s:errorwhileloading shared libraries:libtbb.so.2:cannotopensharedobjectfile:N...
2-4个小时吧，人类基因组。我在windows下跑了接近10个小时，后来在linux下跑，一般不超过4小时就搞定了。
bowtie2-build Genome.fasta index genome.fasta :自己本身下载的fa文件 index：自己为之后建立的索引起的名字 回车 建库需要一段时间 之后会生成六个文件即可
bowtie2-build-s_undefinedsymbol_ _ZN3tbb10interface78internal15task_arena_base19internal_initializeEv 我安装指定版本的tbb可以解决我的问题。 condainstalltbb=2020.2 参考:Conda version does not work with most recent tbb version · Issue #336 · BenLangmead/bowtie2 (github.com)...
Hi, I have just started learning bowtie2. I encountered a problem with database indexing with bowtie2-build command: indexing runs through but the output doesn't have .rev files, thus preventing me from doing alignments to the particular...