bowtie2-build mm10.fa mm10 3、一个完整例子 下载参考基因组 代码语言:javascript 复制 wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/bigZips/chromFa.tar.gz tar-zxvf chromFa.tar.gz cat*.fa>mm10.fa 构建bowtie2索引文件 代码语言:javascript 复制 bowtie2-build mm10.fa mm10 运行bowtie...
# 使用参考序列构建索引,index为索引前缀 bowtie2-build lambda_virus.fa index # 目标序列与参考数据库进行比对 # 对双端序列比对 bowtie2 -x index -1 reads_1.fq -2 reads_2.fq -p 32 -S example_pair.sam # 对单端序列比对 bowtie2 -x index -U reads_1.fq -p 32 -S example_single.sam ...
bowtie2-build [options]* <reference_in> <bt2_index_base> 「操作:」 bowtie2-build --threads 30 Sl.fa Bowtie2-index/Tomato-bowtie-index 「参数:」 -threads 运行线程数量 --large-index 使用较大的索引。一般情况下基因组大于4G的时候,考虑使用大索引。 2.2 Bowtie2的比对 Single End: bowtie2...
1、构建索引 bowtie2-build maizev4.fa maizev4 使用Bowtie 2 的bowtie2-build命令来构建一个maizev4基因组的索引。bowtie2-build是 Bowtie 2 中用于创建索引的工具,而 Bowtie 2 是一个用于短序列比对的快速、内存高效的工具。下面是这条命令的分析: bowtie2-build: Bowtie 2 中用于创建索引的命令。 ma...
用法:bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1<m1> -2 <m2> | -U <r>} -S [<hit>]bowtie2-build用法bowtie2-build默认情况下将fasta文件换成index的数据库。bowtie2-build <fasta文件> <要生成的索引文件前缀名> 必须参数:-x <bt2-idx>由bowtie2-build所生成的索引文件的前缀。首先 在当前...
同时你也可以通过如下的Bowtie2-build的命令来⾃⼰建⽴索引，此外，你还可能使⽤FASTA格式的基因组索引⽂件（后⾯介绍的GTF格式的⽂件），这也可以在前⾯介绍的⽹站中得到。如果下⾯你要利⽤HTSeq进⾏定量，那么选⽤Ensembl数据库的数据是个很好的选择，因为Ensembl数据库的GTF⽂件格式与HT...
×××参数××× bowtie2 bowtie2-build(关于目录建立) bowtie2-inspect
bowtie2-build [options]*<reference_in><bt2_base> <reference_in>:如果此处使用-f参数,则指明index的参考fasta 文件;如果使用-c参数,则指明index的参考序列,例如,GGTCATCCT,ACGGGTCGT,CCGTTCTATGCGGCTTA. <bt2_base>:指的是生成的index文件的前缀,默认情况,bowtie2-build产生NAME.1.bt2, NAME.2.bt2,...
你需要使用bowtie2-build命令来建立索引。这个命令需要两个主要参数:参考序列文件和索引名称。例如,如果你想为hg38.fa文件建立索引,并将索引命名为hg38,你可以使用以下命令: bash bowtie2-build hg38.fa hg38 这个命令会在当前目录下生成六个以.bt2结尾的文件,这些文件共同构成了索引。 等待索引建立完成: bo...