在Bowtie2的使用过程中,参数(-x)可以设置bowtie2-build所生成的索引文件的前缀(GRCh37.74),参数(-U)后跟着的是输入文件,参数(-q)设置其输入文件格式为FASTQ(-q),此项为默认值。参数(-phred64)是输入的碱基质量等于ASCII码值-64,在最近的illumina pipiline中参数-phred33得以运用,代表输入的碱基质量等于ASCII...
【生物软件及应用】Velvet基因组组装软件 05:42 【生物软件及应用】RAST细菌基因组注释 07:07 【生物软件及应用】短序列比对软件bwa 05:32 【生物软件及应用】短序列比对软件bowtie2 05:27 【生物软件及应用】samtools 10:56 【生物软件及应用】bcftools 08:27 【生物软件及应用】QUAST 04:13 【生物...
bowtie2 -p 10 -x /data/huangcan/reference/index/bowtie2/mm9/mm9 -1 input_1.fq -2 input_2.fq | samtools sort -O bam -@ 10 -o - > output.bam 需要注意的是:比如我的索引文件放在/mnt/d/D_data_linux/Genome/Mus_bowtie2目录下,但是需要输入的参数为/mnt/d/D_data_linux/Genome/Mus_...
(2)比对:bowtie -x index-dir -1 /path/1_1.fq -2 /path/1_2.fq -S out.sam (1)结...
Bowtie2是比对软件Bowtie的第二版本,主要改进了支持gap比对。 Bowtie2用户手册: http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml 在看比对结果前需要了解三个概念: 1. Aligned concordantly 合理比对 主要和比对参数:--fr/--rf/--ff有关,默认是:--fr ...
一直认为 bwa 和 bowtie2 比对差异比较大,比对一组数据时均使用默认参数如下 BWA Bowtie2 看下bowtie2的比对结果 比对率为15.2%~52.4%,除去未比对上的reads,single mapped reads最多。 看下bwa的比对结果 选几个未mapped的reads查看 # V300032513L2C001R0020005307 这条read使用bowtie...
window中如何使用bowtie2 简介 window中如何使用bowtie2 工具/原料 window 方法/步骤 1 1.基本命令的使用如下 2 2.可选项输入如下命令 3 3.实现–end-to-end模式命令如下 4 4.实现–loca模式下的预设参数的命令如下 5 5.实现报告参数命令如下 6 6.实现输出参数命令如下 ...
bowtie2 -x $index -U $id | samblaster -e -d $sample.disc.sam -s $sample.split.sam | samtools view -Sb - > $sample.clean.bam 当然,也可以使用bwa啦,如下: #自动输出discordant read pairs和split read alignments: bwa mem <idxbase> samp.r1.fq samp.r2.fq | samblaster -e -d samp....
生信软件 | bow..通常是比较基因组学(包括 variation calling,ChIP-seq,RNA-seq,BS-seq)管道的第一步。可以处理非常长的 Reads(即10~100kb),但它针对近期测序仪产生