【生物软件及应用】短序列比对软件bowtie2, 视频播放量 1228、弹幕量 0、点赞数 16、投硬币枚数 10、收藏人数 30、转发人数 5, 视频作者 沙湖闲人, 作者简介 ,相关视频:【生物软件及应用】短序列比对软件bwa,【生物软件及应用】FastQC,【生物软件及应用】samtools,【生
bowtie2 -p 10 -x /data/huangcan/reference/index/bowtie2/mm9/mm9 -1 input_1.fq -2 input_2.fq | samtools sort -O bam -@ 10 -o - > output.bam 需要注意的是:比如我的索引文件放在/mnt/d/D_data_linux/Genome/Mus_bowtie2目录下,但是需要输入的参数为/mnt/d/D_data_linux/Genome/Mus_...
（2）比对：bowtie -x index-dir -1 /path/1_1.fq -2 /path/1_2.fq -S out.sam （1）结...
1 1.基本命令的使用如下 2 2.可选项输入如下命令 3 3.实现–end-to-end模式命令如下 4 4.实现–loca模式下的预设参数的命令如下 5 5.实现报告参数命令如下 6 6.实现输出参数命令如下
一直认为 bwa 和 bowtie2 比对差异比较大，比对一组数据时均使用默认参数如下 BWA Bowtie2 看下bowtie2的比对结果 比对率为15.2%~52.4%，除去未比对上的reads，single mapped reads最多。 看下bwa的比对结果 选几个未mapped的reads查看 # V300032513L2C001R0020005307 这条read使用bowtie...
strand-specific RNA-seq的数据，用bowtie2 mapping的时候，如果设置了norc这个参数（只map 正链），...
bowtie2 -x reference_index -f query_sequences.fasta -S output.sam 这里,参数的含义是: -x reference_index:指定参考基因组的索引前缀。 -f query_sequences.fasta:指定输入的 FASTA 文件。 -S output.sam:指定输出的 SAM 文件,该文件包含比对结果。
Bowtie2是比对软件Bowtie的第二版本,主要改进了支持gap比对。 Bowtie2用户手册: http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml 在看比对结果前需要了解三个概念: 1. Aligned concordantly 合理比对 主要和比对参数:--fr/--rf/--ff有关,默认是:--fr ...
生信软件 | bow..通常是比较基因组学(包括 variation calling,ChIP-seq,RNA-seq,BS-seq)管道的第一步。可以处理非常长的 Reads(即10~100kb),但它针对近期测序仪产生