-k 默认设置下, bowtie2搜索出了一个read不同的比对结果, 并报告其中最好的比对结果(如果好几个最好的比对结果得分一致, 则随机挑选出其中一个),该模式下, bowtie2最多搜索出一个read个比对结果, 并将这些结果按得分降序报告出来 -a 和-k参数一样, 不过不限制搜索的结果数目. 并将所有的比对结果都按降序...
--local:局部比对模式,可用于查询基因重复区域。 3. 比对算法优化参数 -R:该参数处理反向比对,也就是感兴趣的序列与参考基因组上的序列反向互补。 -S:比对结果将存储成sam格式。 -k:设定输出最多前k多的比对结果。 以上就是关于bowtie2参数的详细介绍,大家可以根据实际需要进行调整。©...
报告参数 -k <int> 默认设置下, bowtie2搜索出了一个read不同的比对结果, 并报告其中最好的比对结果(如果好几个最好的比对结果得分一致, 则随机挑选出其中一个). 而在该模式下, bowtie2最多搜索出一个read <int>个比对结果, 并将这些结果按得分降序报告出来. -a 和-k参数一样, 不过不限制搜索的结果...
除了以上三个主要参数,Bowtie2还有一些可选参数。其中,-x参数用于指定参考基因组文件名;-U参数用于指定未配对的单端序列文件名;-1和-2参数用于指定左/右端配对序列文件名;-S参数用于指定输出比对结果的文件名;-k参数用于指定每个查询序列的最大有效比对数;--no-discordant参数用于禁用discordant pairs功能,即不比对...
genome_index 需要指定路径及其共用文件名,比如我的索引文件放在/data/ref/bowtie2/mm10目录下,但是需要输入的参数为/data/ref/bowtie2/mm10/mm10。最后一个mm10指的是共用文件名。 必需参数 可选参数(常用) 2、构建索引 官方索引 代码语言:javascript ...
一直认为bwa和bowtie2比对差异比较大,比对一组数据时均使用默认参数如下 BWA bwa mem -t 4 Ensembl/03.BWA_index/chicken ../../01.QC/${i}/Clean*_1.fq.gz ../../01.QC/${i}/Clean*_2.fq.gz -o align.sam Bowtie2 nohup bowtie2 -x Ensembl/02.Bowtie2_index/chicken -k 1 -1 ../...
-k mode: 找一个或多个匹配,全报告 -k N找最多N个匹配,按比对分数降序排序 -a mode: 找和报告所有的。对大基因组,这个会很慢。 bowtie2找匹配时采用随机的策略,会使用--seed产生随机数来选择需要报告的匹配。所以如果使用 --non-deterministic,则对同样的输入reads,可能会产生不同的比对结果输出。
常用的参数进行比对，可以更改其中的参数获得更好的结果 $ bowtie2 -q --phred33 --sensit ive --end-to-end -I 0 -X 500 --fr --un unpair ed --al aligne d --un-conc unconc --al-conc alconc -p 6 --reorde r -x <bt2-idx> {...
bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r>} [-S <sam>][option]*:可选参数 -x:接参考序列索引文件的前缀,由bowtie2-bulid构建 -1/-2:双端测序的输入文件,-1接Read1文件,-2接Read2文件 -U:单端测序的输入文件,后接SE测序文件 -S:以sam格式输出到<sam>文件中,不...