-k 默认设置下, bowtie2搜索出了一个read不同的比对结果, 并报告其中最好的比对结果(如果好几个最好的比对结果得分一致, 则随机挑选出其中一个),该模式下, bowtie2最多搜索出一个read个比对结果, 并将这些结果按得分降序报告出来 -a 和-k参数一样, 不过不限制搜索的结果数目. 并将所有的比对结果都按降序报告出来. 此参
--local:局部比对模式,可用于查询基因重复区域。 3. 比对算法优化参数 -R:该参数处理反向比对,也就是感兴趣的序列与参考基因组上的序列反向互补。 -S:比对结果将存储成sam格式。 -k:设定输出最多前k多的比对结果。 以上就是关于bowtie2参数的详细介绍,大家可以根据实际需要进行调整。©...
模式下,bowtie2最多搜索出一个read<int>个比对结果,并将这些结果按得分降序报告出来. -a和-k参数一样,不过不限制搜索的结果数目.并将所有的比对结果都按降序报告出来.此参数和-k参数冲突.值得注意的是:如果基因组含有很多重复序列时,该参数会导致运行极其缓慢.Effort参数-D <int>比对时,将一个种子延长...
必需参数 参数 解释 -x 参考基因组索引的基名。基本名称是任何索引文件的名称,但不包括最终的.1.bt2/ .rev.1.bt2/等。bowtie2在当前目录中首先查找指定的索引,然后在BOWTIE2_INDEXES环境变量中指定的目录中查找。 -1 以逗号分隔的包含队友1的文件列表(文件名通常包含_1),例如-1 flyA_1.fq,flyB_1.fq...
除了以上三个主要参数,Bowtie2还有一些可选参数。其中,-x参数用于指定参考基因组文件名;-U参数用于指定未配对的单端序列文件名;-1和-2参数用于指定左/右端配对序列文件名;-S参数用于指定输出比对结果的文件名;-k参数用于指定每个查询序列的最大有效比对数;--no-discordant参数用于禁用discordant pairs功能,即不比对...
bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r>} [-S <sam>][option]*:可选参数 -x:接参考序列索引文件的前缀,由bowtie2-bulid构建 -1/-2:双端测序的输入文件,-1接Read1文件,-2接Read2文件 -U:单端测序的输入文件,后接SE测序文件 -S:以sam格式输出到<sam>文件中,不...
-k mode: 找一个或多个匹配,全报告 -k N找最多N个匹配,按比对分数降序排序 -a mode: 找和报告所有的。对大基因组,这个会很慢。 bowtie2找匹配时采用随机的策略,会使用--seed产生随机数来选择需要报告的匹配。所以如果使用 --non-deterministic,则对同样的输入reads,可能会产生不同的比对结果输出。
bowtie2-x $index-U$id|samtools sort-@4-o $sample.bam- 运行速度很慢,现在有高效工具啦,比如sambamba主要有filter,merge,slice和duplicate等七个功能来处理sam/bam文件,几乎可以替代 samtools啦,不过,这里要着重介绍的是samblaster samblaster 主要参数: -i --input 输入sam文件(必须包含header且按reads id排序...
报告参数 -k默认设置下, bowtie2搜索出了一个read 不同的比对结果,并报告其中最好的 比对结果(如果好几个最好的比对结果得分一致,则随机挑选出其中一个).而在该模式下, bowtie2最多搜索出一个read个比对结果,并将这些结果按得分降序...