其中,-x参数用于指定参考基因组文件名;-U参数用于指定未配对的单端序列文件名;-1和-2参数用于指定左/右端配对序列文件名;-S参数用于指定输出比对结果的文件名;-k参数用于指定每个查询序列的最大有效比对数;--no-discordant参数用于禁用discordant pairs功能,即不比对在参考基因组上相邻但方向不同的配对序列;--no-...
bowtie2 --threads 4 --end-to-end -x reference_genome -1 reads_1.fastq -2 reads_2.fastq -S align.sam 该命令使用了 4 个线程进行全长匹配的比对,将比对结果保存为 SAM 格式的文件 align.sam。 7. 结论 bowtie2 是一种功能强大的序列比对工具,通过灵活的参数设置,可以对各种类型的数据进行高效而...
-x <bt2-idx> 由bowtie2-build所生成的索引文件的前缀。首先 在当前目录搜寻,然后在环境变量 BOWTIE2_INDEXES 中制定的文件夹中搜寻。 -1 <m1> 双末端测寻对应的文件1。可以为多个文件,并用逗号分开;多个文件必须和 -2 <m2> 中制定的文件一一对应。比如:"-1 flyA_1.fq,flyB_1.fq -2 flyA_2.fq...
bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1<m1> -2 <m2> | -U <r>} -S [<hit>] bowtie2-build用法 bowtie2-build默认情况下将fasta文件换成index的数据库。 bowtie2-build <fasta文件> <要生成的索引文件前缀名> 必须参数: -x<bt2-idx>由bowtie2-build所生成的索引文件的前缀。首先 在当前目...