Bowtie2共有三个主要参数,分别为-i、-p和--sensitive。 -i参数用于指定输入序列的文件名。该参数后必须跟一个文件名,其格式为FASTQ或FASTA格式。 -p参数用于指定要使用的处理器数量。该参数后必须跟一个数字,可使用多个处理器并行处理,加快比对速度。 --sensitive参数用于指定比对的灵敏度。该参数共有三个可选...
-p参数会让bowtie进入多线程模式。每一个线程都会使用单独的CPU或者CPU内核。这种并行的运算模式也会大大加快运算速度。 示例 bowtie2 -p 10 -x /data/ref/bowtie2/mm10/mm10 -1 input_1.fq -2 input_2.fq | samtools sort -O bam -@ 10 -o - > output.bam ##双端测序数据去宿主: bowtie2 -...
-p:改变门槛和match和mismatch得分。 -x:比对参考基因组的索引名字。 -U:处理未配对的序列,读取得pairs-info。 2. 比对模式参数 --very-fast:最快速模式的算法,但是会增加一定的误差。 --fast-local:比对速度较快,局部插入与delete的分数加权。 --end-to-end:比对质量较为严格,全长比对,特别适合短序列比对...
bowtie2-build --threads 30 Sl.fa Bowtie2-index/Tomato-bowtie-index 「参数:」 -threads 运行线程数量 --large-index 使用较大的索引。一般情况下基因组大于4G的时候,考虑使用大索引。 2.2 Bowtie2的比对 Single End: bowtie2 -p 10 -x 02_Geneome_index/Bowtie2-index/Tomato-bowtie-index -U in...
可选参数(常用) 参数 解释 -q 读取(与指定<m1>,<m2>,<s>)是FASTQ文件。FASTQ文件通常有扩展名.fq或.fastq。FASTQ是默认格式。另见:--solexa-quals和--int-quals。 -p/–threads NTHREADS 启动NTHREADS并行搜索线程(默认值:1)。线程将在单独的处理器/内核上运行,并在解析读取和输出对齐时进行同步。搜索对齐...
10. -p/--threads <int>:指定使用的线程数。多线程可以加速比对过程。 11. --trim5 <int>:从末端修剪查询序列的N个碱基。 12. --trim3 <int>:从3'末端修剪查询序列的N个碱基。 13. --maxins <int>:指定最大的插入片段长度,用于双末端测序数据。 14. --fr/--rf/--ff:指定双末端测序的原始方向...
可以加入-p 12来调动我的12个cpu,速度会更快 查看生成的eg1.sam文件 head eg1.sam 2.4其他参数的说明: -U 后面接的是unpaired reads -S 输出文件,默认的是stdout,在终端显示,也可以搞个文件来装输出的结果 输入文件选项 -q Reads 为FASTQ格式(`.fq` or `.fastq`.),此为默认的格式 ...
参数说明: -p 参数用于指定使用的线程数。 -x 参数用于指定参考基因组的索引文件前缀 --un-conc-gz 参数用于指定输出未成功比对到参考基因组的配对reads文件,以压缩格式保存。 -1 双末端测寻对应的Read1。可以为多个文件,并用逗号分开;多个文件必须和 -2 ...
基本参数 -p N:使用 N 个线程。 --very-fast:提高比对的速度,但会一定程度上降低比对准确性。 其他参数可以参考: 输出结果 Bowtie2 的输出为 SAM 格式文件,包含了比对的详细信息,包括比对的位置信息、错配情况、序列和质量信息等。后续可以使用 `samtools` 等工具将 SAM 文件转换为 BAM 格式,以便于进一步分析...