除了以上三个主要参数,Bowtie2还有一些可选参数。其中,-x参数用于指定参考基因组文件名;-U参数用于指定未配对的单端序列文件名;-1和-2参数用于指定左/右端配对序列文件名;-S参数用于指定输出比对结果的文件名;-k参数用于指定每个查询序列的最大有效比对数;--no-discordant参数用于禁用discordant pairs功能,即不比对...
-U:处理未配对的序列,读取得pairs-info。 2. 比对模式参数 --very-fast:最快速模式的算法,但是会增加一定的误差。 --fast-local:比对速度较快,局部插入与delete的分数加权。 --end-to-end:比对质量较为严格,全长比对,特别适合短序列比对。 --local:局部比对模式,可用于查询基因重复区域。 3. 比对算法优化参...
bowtie2用法 单端: bowtie2 -U 文件名 -p 进程数1>结果保存位置 双端(两个文件): bowtie2 -1双端文件1 -2双端文件21>结果保存位置 双端(单个文件): bowtie2 --interleave 文件名 -p 进程数1>结果保存位置 常用参数含义:
bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r>} [-S <sam>][option]*:可选参数 -x:接参考序列索引文件的前缀,由bowtie2-bulid构建 -1/-2:双端测序的输入文件,-1接Read1文件,-2接Read2文件 -U:单端测序的输入文件,后接SE测序文件 -S:以sam格式输出到<sam>文件中,不...
"bowtie2 -p 10 -x genome_index -U input.fq | samtools sort -O bam -@ 10 -o - > output.bam 双末端 bowtie2 -p 10 -x genome_index -1 input_1.fq -2 input_2.fq | samtools sort -O bam -@ 10 -o - > output.bam 需要注意的是: 这条命令把bowtie2 生成的sam文件通过管道|...
bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r>} -S [<hit>] 必须参数: -x <bt2-idx> 由bowtie2-build所生成的索引文件的前缀。首先 在当前目录搜寻,然后在环境变量 BOWTIE2_INDEXES 中制定的文件夹中搜寻。 -1 <m1> 双末端测寻对应的文件1。可以为多个文件,并用逗号分...
以下是对一些重要的Bowtie2参数的详细介绍: 1. -q/--query <filename>:指定输入序列文件。可以是FASTQ或SAM/BAM格式。 2. -x/--index <basename>:指定参考基因组的索引前缀。Bowtie2会生成一组文件来表示索引。 3. -1/--mates1 <filename>:指定第一对末端测序的文件,用于双末端测序数据。可以是FASTQ或...
参数: -threads 运行线程数量 --large-index 使用较大的索引。一般情况下基因组大于4G的时候,考虑使用大索引。 [图片上传失败...(image-7989a0-1704784953195)] 2.2 Bowtie2的比对 Single End: bowtie2-p10-x02_Geneome_index/Bowtie2-index/Tomato-bowtie-index-U input.fq-S**.sam2>**.bowtie2.log...
$BT2_HOME/bowtie2 --local -x lambda_virus -U $BT2_HOME/example/reads/longreads.fq -S eg3.sam 问题:这里的的local跟之前的有啥区别呢? 可以加入-p 12来调动我的12个cpu,速度会更快 查看生成的eg1.sam文件 head eg1.sam 2.4其他参数的说明: ...