bowtie2-p10-x 02_Geneome_index/Bowtie2-index/Tomato-bowtie-index-U input.fq|samtoolssort-O bam-@10-o->output.bam Bowti2参数设置: 必须参数: -x bowtie-bulid建立的索引 -1 双端测序中的第一个文件 -2 双端测序中的第二个文件 -U 单端测序 -S 生成的Sam文件 输入参数(可选参数) -q 输入...
When -k is specified, however, bowtie2 behaves differently. Instead, it searches for at most <int> distinct, valid alignments for each read. The search terminates when it can't find more distinct valid alignments, or when it finds <int>, whichever happens first. 这说明即便使用了-k 2参数...
Bowtie2是比对软件Bowtie的第二版本,主要改进了支持gap比对。 Bowtie2用户手册: http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml 在看比对结果前需要了解三个概念: 1. Aligned concordantly 合理比对 主要和比对参数:--fr/--rf/--ff有关,默认是:--fr 在参数--fr下:前两种比对就是合理比对,也即...
genome_index 需要指定路径及其共用文件名,比如我的索引文件放在/data/ref/bowtie2/mm10目录下,但是需要输入的参数为/data/ref/bowtie2/mm10/mm10。最后一个mm10指的是共用文件名。 必需参数 可选参数(常用) 使用(构建索引) 官方索引 wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/data/bowtie2_indexes/mm10.zip ...
默认情况下,bowtie2 会输出进展信息和警告信息,使用该参数可以禁止输出任何信息,仅保留计算结果。 2.2 –threads <int> 该参数用于指定线程数目,加快比对速度。通过多线程并行处理,可以充分利用计算资源。 2.3 –time 该参数用于输出比对过程的计时信息,有助于评估比对速度和性能。 2.4 -x <bt2-index> 该参数用于...
bowtie2参数 Bowtie2是一种广泛使用的序列比对软件,用于将高通量测序数据与参考基因组进行比对。它提供了丰富的参数选项,用于优化比对的速度和准确性。以下是对一些重要的Bowtie2参数的详细介绍: 1. -q/--query <filename>:指定输入序列文件。可以是FASTQ或SAM/BAM格式。 2. -x/--index <basename>:指定参考...
sourceforge.net下载传统安装包。示例中，单末端和双末端的比对命令分别展示了如何使用-p参数控制处理器数量和指定索引文件。在构建索引时，例如针对M. musculus的UCSC mm10，需要指定本地目录和共用文件名，以及比对模式和输入文件。详细的步骤可以参考bowtie-bio.sourceforge.net获取更多信息。
自己构建:其实自己下载好参考基因组后,自己构建也是很方便的。只需要指定三个参数:一个线程数,一个参考基因组的位置,最后就是输出的索引前缀【一个小技巧就是输出的前缀直接用物种的缩写,比如mm10、hg19、ath等】 #举个例子 ref=/home/genome/genome.fa ...
在Bowtie2的使用过程中,参数(-x)可以设置bowtie2-build所生成的索引文件的前缀(GRCh37.74),参数(-U)后跟着的是输入文件,参数(-q)设置其输入文件格式为FASTQ(-q),此项为默认值。参数(-phred64)是输入的碱基质量等于ASCII码值-64,在最近的illumina pipiline中参数-phred33得以运用,代表输入的碱基质量等于ASCII...