-k 默认设置下, bowtie2搜索出了一个read不同的比对结果, 并报告其中最好的比对结果(如果好几个最好的比对结果得分一致, 则随机挑选出其中一个). 而在该模式下, bowtie2最多搜索出一个read <int>个比对结果, 并将这些结果按得分降序报告出来. -a 和-k参数一样, 不过不限制搜索的结果数目. 并将所有的...
第一步,是将你的reference进行index Bowtie2结果文件 SAM格式解析: SAM被tab键分割成12个列,tab分割有利于用shell脚本直接处理。当然SAMtools也可以承担一些工作。 1 比对到参考基因组上的reads的ID 2 进行标注的Flag值:1.这个reads是paired reads里面的一个; 2.这个比对是paired-end比对中的一端;4.这个read,没...
这条read使用bowtie2比对，只有paired-end一条read比对上，而bwa两条均能比对上，另一条比对为 41T4T53 ，还有很多类似情况就不一一举例了 如果直接使用默认参数的话，两个的差距还是挺大的
一直认为bwa和bowtie2比对差异比较大,比对一组数据时均使用默认参数如下 BWA bwa mem -t 4 Ensembl/03.BWA_index/chicken ../../01.QC/${i}/Clean*_1.fq.gz ../../01.QC/${i}/Clean*_2.fq.gz -o align.sam Bowtie2 nohup bowtie2 -x Ensembl/02.Bowtie2_index/chicken -k 1 -1 ../...