使用bowtie2的bowtie2-build命令来建立索引: 你需要使用bowtie2-build命令来建立索引。这个命令需要两个主要参数:参考序列文件和索引名称。例如,如果你想为hg38.fa文件建立索引,并将索引命名为hg38,你可以使用以下命令: bash bowtie2-build hg38.fa hg38 这个命令会在当前目录下生成六个以.bt2结尾的文件,...
1、构建索引 bowtie2-build maizev4.fa maizev4 使用Bowtie 2 的bowtie2-build命令来构建一个maizev4基因组的索引。bowtie2-build是 Bowtie 2 中用于创建索引的工具,而 Bowtie 2 是一个用于短序列比对的快速、内存高效的工具。下面是这条命令的分析: bowtie2-build: Bowtie 2 中用于创建索引的命令。 ma...
bowtie2-build mm10.fa mm10 运行bowtie2 获取 SAM 文件 代码语言:javascript 复制 bowtie2-p6-35--local-x mm10-1example_1.fastq-2example_2.fastq-Sexample.sam 这行命令表示使用–local的比对模式,使用 mm10 的索引;这里是双末端测序,所以将待比对文件 example_1.fq example_2.fa 分别输入,以 examp...
建立索引。bowtie2-build是bowtie2建立索引的常用的指令， -f指定要索引文件后，再给予索引的名称。参考基因组通过bowtie2-build指令在Index文件中的索引文件的前缀，此前缀不包含索引文件的.1.bt2/.rev.1.bt2/etc.bowtie2等。
bowtie2-build lambda_virus.fa index # 目标序列与参考数据库进行比对 # 对双端序列比对 bowtie2 -x index -1 reads_1.fq -2 reads_2.fq -p 32 -S example_pair.sam # 对单端序列比对 bowtie2 -x index -U reads_1.fq -p 32 -S example_single.sam ...
bowtie2-build /home/pxy7896/Downloads/bowtie2/example/reference/lambda_virus.fa lambda_virus 结果:产生六个文件。(eg1,eg2,eg3是后面的) 可以使用预先建好的索引。 可以一次为多个文件建立索引,文件名之间用,分隔 Step 2:比对reads bowtie2 -x lambda_virus -U /home/pxy7896/Downloads/bowtie2/examp...
-x <bt2-idx> 由bowtie2-build所生成的索引文件的前缀。首先 在当前目录搜寻,然后在环境变量 BOWTIE2_INDEXES 中制定的文件夹中搜寻。 -1 <m1> 双末端测寻对应的文件1。可以为多个文件,并用逗号分开;多个文件必须和 -2 <m2> 中制定的文件一一对应。比如:"-1 flyA_1.fq,flyB_1.fq -2 flyA_2.fq...
(前缀即bowtie2-build指定的前缀,.1.bt2/.2.bt2前面的内容)foriin$(cat file.txt);do# 核糖体 RNA 过滤bowtie2-p60-x$INDEX_PATH_rRNA--un-conc-gz../bowtie2/${i}_no_rRNA.fq.gz-1${i}_1_trimmed.fq.gz-2${i}_2_trimmed.fq.gz-S../bowtie2/${i}_rRNA.sam# 线粒体 DNA 过滤...
-x <bt2-idx>:由bowtie2-build所生成的索引文件的前缀(去掉了.X.bt2)。 -1 <m1>:双末端测序对应的文件1。可以为多个文件,并用逗号分开,中间没有空白;多个文件必须和 -2 <m2> 中制定的文件一一对应。比如-1 flyA_1.fq,flyB_1.fq -2 flyA_2.fq,flyB_2.fq。 测序文件中的reads的长度可以不一...
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/bigZips/chromFa.tar.gz tar -zxvf chromFa.tar.gz cat *.fa > mm10.fa bowtie2-build mm10.fa mm10 运行bowtie2 获取 SAM 文件 bowtie2 -p 6 -3 5 --local -x mm10 -1 example_1.fastq -2 example_2.fastq -S SRR3208744.sam ...