使用bowtie2的bowtie2-build命令来建立索引: 你需要使用bowtie2-build命令来建立索引。这个命令需要两个主要参数:参考序列文件和索引名称。例如,如果你想为hg38.fa文件建立索引,并将索引命名为hg38,你可以使用以下命令: bash bowtie2-build hg38.fa hg38 这个命令会在当前目录下生成六个以.bt2结尾的文件,...
unzip bowtie2-2.2.9-linux-x86_64.zip# 2.建立bowtie2索引:cd~/software/reference/GRCh38_bowtie2/# 索引存放目录### hg38 index/home/username/software/bowtie2/bowtie2-2.5.3-linux-x86_64/bowtie2-build hg38.fa hg38# bowtie2-build命令在安装bowtie2的目录下找到# 第一个hg38.fa代表输入...
（1）建立索引：bowtie-build reference.fa index-dir 注意：bowtie建立的索引bowtie2是无法使用的 （...
建立索引。bowtie2-build是bowtie2建立索引的常用的指令， -f指定要索引文件后，再给予索引的名称。参考基因组通过bowtie2-build指令在Index文件中的索引文件的前缀，此前缀不包含索引文件的.1.bt2/.rev.1.bt2/etc.bowtie2等。
1.软件安装 2 构建基因组索引文件 2.1 Hisat2 hisat2-build不支持基因组以压缩文件的形式输入,运行完成后,生成8个后缀名为ht2的文件。 使用帮助 2...
2.1 创建bowtie2的index索引 bowtie2-build [options]* <reference_in> <bt2_index_base> 「操作:」 bowtie2-build --threads 30 Sl.fa Bowtie2-index/Tomato-bowtie-index 「参数:」 -threads 运行线程数量 --large-index 使用较大的索引。一般情况下基因组大于4G的时候,考虑使用大索引。
#bowtie2-build 构建参考基因组索引文件 $bowtie2-build hg19/hg19.fa hg19/hg19 Settings: Output files: 'hg19/hg19.*.bt2' Line rate: 6 (line is 64 bytes) Lines per side: 1 (side is 64 bytes) Offset rate: 4 (one in 16) FTable chars: 10 ...
1. 建立索引 $ bowtie2-build file.fasta file 2. 比对 $ bowtie2 -p 4 -x file -1 reads_1.fq -2 reads_2.fq -S eg2.sam (双端) --un unalingedpairends (输出未比对上的序列) $ bowtie2 -p 4 -x file -U reads_1.fq -S eg1.sam (单端)...
或是用Bowtie2-build建立索引: bowtie2-build –f Homo_sapiens.GRCh37.74.dna.toplevel.fa GRCh37.74 命令最后的这一部分(GRCh37.74)将会是你生成的6个.bt2索引文件的前缀 GRCh37.74.1.bt2 GRCh37.74.2.bt2 GRCh37.74.3.bt2 GRCh37.74.4.bt2 ...
解压缩后文件情况：合并文件 cat *.fa > mm10.fa 使用bowtie2 built建立索引：bowtie2-build mm10.fa mm10 索引文件格式如下：处理信息（需要一定时间）运行bowtie2 获取 SAM 文件 bowtie2 -p 6 -3 5 --local -x mm10 -1 example_1.fastq -2 example_2.fastq -S example.sam ...