建立索引。bowtie2-build是bowtie2建立索引的常用的指令， -f指定要索引文件后，再给予索引的名称。参考基因组通过bowtie2-build指令在Index文件中的索引文件的前缀，此前缀不包含索引文件的.1.bt2/.rev.1.bt2/etc.bowtie2等。
bowtie2-build的使用 1.build index database use bowtie2 bowtie2-build -f genome.fasta genome -f 为参考基因组genome.fasta Genome为文件索引
bowtie2-build Genome.fasta index genome.fasta :自己本身下载的fa文件 index：自己为之后建立的索引起的名字 回车 建库需要一段时间 之后会生成六个文件即可
Build the index of a fungi genome with no errors. The fungi genome is ~10^7 bp. The command I used: bowtie2-build -f fungi.fa fungi_bt2 bowtie2 --local -x fungi_bt2 -f -U contigs.fasta -S bowtie.contigs.fungi.sam -p 1 ...