如果你需要比对是比较常见的基因组的话,你可以去下载你所需要的Pre-built indexes文件就可以了。如你要想建立human chr1的索引,可采用下列命令:-bash-3.2$ ./bowtie-build genomes/hg19/chr1.fa chr1 ,结果会生存chr1.1.ebwt chr1.2.ebwt chr1.3.ebwt chr1.4.ebwt四个索引文件,然后把这四个文件移到程序...
如果你需要比对是比较常见的基因组的话,你可以去http://bowtie-bio.sourceforge.net/manual.shtml下载你所需要的Pre-built indexes文件就可以了。 如前所述,bowtie适合于将短序列拼接至大的模板上,尤其是基因组。模板最小尺寸不能小于1024碱基,而短序列最长而不能超过1024碱基。Bowtie设计思路是,1)短序列在基因...
如果你需要比对是比较常见的基因组的话,你可以去下载你所需要的Pre-built indexes文件就可以了。如你要想建立human chr1的索引,可采用下列命令:-bash-3.2$ ./bowtie-build genomes/hg19/chr1.fa chr1 ,结果会生存chr1.1.ebwt chr1.2.ebwt chr1.3.ebwt chr1.4.ebwt四个索引文件,然后把这四个文件移到程序...
如果你需要比对是比较常见的基因组的话,你可以去http://bowtie-bio.sourceforge.net/manual.shtml下载你所需要的Pre-built indexes文件就可以了。 如前所述,bowtie适合于将短序列拼接至大的模板上,尤其是基因组。模板最小尺寸不能小于1024碱基,而短序列最长而不能超过1024碱基。Bowtie设计思路是,1)短序列在基因...
这里以酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)为例, Pre-built indexes里面有这个物种,直接下载得到文件“s_cerevisiae.ebwt.zip”。 解压, 得到文件夹s_cerevisiae.ebwt,里面有几个文件。 把解压后的文件(不是文件夹)copy到目录 bowtie-1.0.0/indexes下面。
在 使用bowtie前,需要使用bowtie-build来构建比对模板。如果你需要比对是比较常见的基因组的话,你可以去http://bowtie- bio.sourceforge.net/manual.shtml下载你所需要的Pre-built indexes文件就可以了。 如 前所述,bowtie适合于将短序列拼接至大的模板上,尤其是基因组。模板最小尺寸不能小于1024碱基,而短序列最...
Bowtie在比对之前需要对参考基因组建立索引(Index)文件以提高比对速度,Bowtie网站(http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml)提供了主要一些物种基因组的Pre-built indexes,用户下载后直接使用,可以跳过建立索引的过程,大大节省计算时间。. 2.3 可以下载非编译版的软件包,比如bowtie-1.0.1-linux-x86_64,执行...
Downloading Bowtie prebuilt reference setsRaffaele A Calogero
在使用bowtie前,需要使用bowtie-build来构建比对模板。如果你需要比对是比较常见的基因组的话,你可以去http://bowtie-bio.sourceforge.net/manual.shtml下载你所需要的Pre-builtindexes文件就可以了。 如前所述,bowtie适合于将短序列拼接至大的模板上,尤其是基因组。模板最小尺寸不能小于1024碱基,而短序列最长而不...
如果你需要比对是比较常 见的基因组的话, 你可以去 /manual.shtml 下载你所需要的 Pre-built indexes 文件就可以了。 如前所述, bowtie 适合于将短序列拼接至大的模板上,尤其是基因组。模板最小尺寸 不能小于 1024 碱基,而短序列最长而不能超过 1024 碱基。 Bowtie 设计思路是, 1 )短序 列在基因组上...