unzip bowtie2-2.2.9-linux-x86_64.zip# 2.建立bowtie2索引:cd~/software/reference/GRCh38_bowtie2/# 索引存放目录### hg38 index/home/username/software/bowtie2/bowtie2-2.5.3-linux-x86_64/bowtie2-build hg38.fa hg38# bowtie2-build命令在安装bowtie2的目录下找到# 第一个hg38.fa代表输入...
-函数调用方法:通过文件路径找到函数 -例如:/home/duck/Downloads/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64/bowtie2-build mm10.fa index 上行代码中斜体删除线为bowtie2-build函数所在位置(index代表对mm10.fa建立索引) 3、Bowtie2使用办法(简洁明了版) https://www.plob.org/article/4540.html 4、建立索引 /home...
bowtie2-build [options]* <reference_in> <bt2_index_base> 「操作:」 bowtie2-build --threads 30 Sl.fa Bowtie2-index/Tomato-bowtie-index 「参数:」 -threads 运行线程数量 --large-index 使用较大的索引。一般情况下基因组大于4G的时候,考虑使用大索引。 2.2 Bowtie2的比对 Single End: bowtie2...
（1）建立索引：bowtie-build reference.fa index-dir 注意：bowtie建立的索引bowtie2是无法使用的 （...
建立索引。bowtie2-build是bowtie2建立索引的常用的指令， -f指定要索引文件后，再给予索引的名称。参考基因组通过bowtie2-build指令在Index文件中的索引文件的前缀，此前缀不包含索引文件的.1.bt2/.rev.1.bt2/etc.bowtie2等。
bowtie2-build的使用 1.build index database use bowtie2 bowtie2-build -f genome.fasta genome -f 为参考基因组genome.fasta Genome为文件索引
#bowtie2-build 构建参考基因组索引文件 $bowtie2-build hg19/hg19.fa hg19/hg19 Settings: Output files: 'hg19/hg19.*.bt2' Line rate: 6 (line is 64 bytes) Lines per side: 1 (side is 64 bytes) Offset rate: 4 (one in 16) FTable chars: 10 ...
bowtie2-build用法 bowtie2-build默认情况下将fasta文件换成index的数据库。 bowtie2-build <fasta文件> <要生成的索引文件前缀名> 必须参数: -x<bt2-idx>由bowtie2-build所生成的索引文件的前缀。首先 在当前目录搜寻,然后在环境变量BOWTIE2_INDEXES中制定的文件夹中搜寻。
bowtie2_2.3.4.1-1_amd64 NAME bowtie2-build-l - building a colorspace index for bowtie2 SYNOPSIS bowtie2-build-l[options]*<reference_in><bt2_index_base> DESCRIPTION Bowtie 2 version 2.3.4.1 by Ben Langmead (langmea@cs.jhu.edu, www.cs.jhu.edu/~langmea) reference_in comma-separate...
genome_index 需要指定路径及其共用文件名,比如我的索引文件放在/data/ref/bowtie2/mm10目录下,但是需要输入的参数为/data/ref/bowtie2/mm10/mm10。最后一个mm10指的是共用文件名。 必需参数 可选参数(常用) ...