unzip bowtie2-2.2.9-linux-x86_64.zip# 2.建立bowtie2索引:cd~/software/reference/GRCh38_bowtie2/# 索引存放目录### hg38 index/home/username/software/bowtie2/bowtie2-2.5.3-linux-x86_64/bowtie2-build hg38.fa hg38# bowtie2-build命令在安装bowtie2的目录下找到# 第一个hg38.fa代表输入...
解压出来的hg38.fa文件可以用于后续使用。 2、 建立索引(bowtie2) 文件准备:hg38.fa source activate wes #进入到conda小环境 bowtie2-build hg38.fa hg38 #bowtie2 建立索引 建立索引的时间真的超级长!!! 可以挂到服务器后台运行 nohup bowtie2-build hg38.fa hg38 & > nohup01.out...
./GRCh38.p14.genome.fa #输入文件;这里是人类GRChg38参考基因组文件 ./bowtie2_38/GRCh38 #输出文件路径及输出文件前缀;这里设置的输出前缀是GRCh38 ##构建索引一般比较慢,以GRCh38为例,4个线程,耗时 59:07.22 ## 输出结果如下: 1000M 1月 9 18:48 GRCh38.1.bt2 747M 1月 9 18:48 GRCh38.2.bt...
wget --timestamping https://genome-idx.s3.amazonaws.com/bt/GRCh38_noalt_as.zip# 解压到 GRCh38_noalt_asunzip GRCh38_noalt_as.zip# 查看 index 的 6 个文件 小测试 将上面的 hg38.fa chromosome 1 的序列 copy 一段 50 bp 使用 bowtie2 比对 # -x 索引名称(目录/base_name=bowtie2_inde...
wget hgdownload.cse.ucsc.edu 2、解压索引文件 tar -zxvf chromFa.tar.gz 3、将所有fa格式的文件都合并到mm10.fa后构建索引mm10: cat *.fa > mm10.fa bowtie2-build mm10.fa mm10 4.2 单末端测序 使用单末端测序示例文件reads_1.fq,生成example.sam: bowtie2 -p 6 -3 5 --local -x mm10 -...
hg38_rRNA.fasta 二、bowtie2建立rRNA索引 1.解压 hg38_rRNA.fa.gz 2. 建立索引(index)命令:bowtie2-build hg38_rRNA.fa hg38_rRNA 三、利用bowtie2去除rRNA 1.针对单端测序文件(single-end) 命令: bowtie2 -x ~/RNASEQ/index/rRNA_index/hg38_rRNA --un-gz ${i}_IP_rmrRNA.fastq.gz -U $...
bowtie2-build <fasta文件> <要生成的索引文件前缀名> 类似下面的代码,但是这个过程大约要1-4小时,很耽误时间,一定要后台运行——服务器上要通过脚本提交。 ref=~/refdata-gex-GRCh38-2020-A/fasta/genome.fa bowtie-build $refhg38 生成的6个后缀为.bt2 的文件和fa文件在同一个目录下。
bowtie2-build hg38.fa hg38 bowtie2-p10-x/data/ref/bowtie2/mm10/mm10-1input_1.fq-2input_2.fq|samtools sort-Obam-@10-o->output.bam $bowtie2 -x bowtie_build_index/mm10 -U ATAC1014_gDNA.fastq.gz -p 20 -S mm10.sam
将上面的 hg38.fa chromosome 1 的序列 copy 一段 50 bp 使用 bowtie2 比对 # -x 索引名称(目录/base_name=bowtie2_index/GRCh38_noalt_as/GRCh38_noalt_as)# -c 命令行(commande line )输入序列, 多个序列以英文 ,分隔。bowtie2 -x bowtie2_index/GRCh38_noalt_as/GRCh38_noalt_as -c ACA...
将上面的 hg38.fa chromosome 1 的序列 copy 一段 50 bp 使用 bowtie2 比对 # -x 索引名称(目录/base_name=bowtie2_index/GRCh38_noalt_as/GRCh38_noalt_as)# -c 命令行(commande line )输入序列, 多个序列以英文 ,分隔。bowtie2 -x bowtie2_index/GRCh38_noalt_as/GRCh38_noalt_as -c ACA...