解压出来的hg38.fa文件可以用于后续使用。 2、 建立索引(bowtie2) 文件准备:hg38.fa source activate wes #进入到conda小环境 bowtie2-build hg38.fa hg38 #bowtie2 建立索引 建立索引的时间真的超级长!!! 可以挂到服务器后台运行 nohup bowtie2-build hg38.fa hg38 & > nohup01.out...
unzip bowtie2-2.2.9-linux-x86_64.zip# 2.建立bowtie2索引:cd~/software/reference/GRCh38_bowtie2/# 索引存放目录### hg38 index/home/username/software/bowtie2/bowtie2-2.5.3-linux-x86_64/bowtie2-build hg38.fa hg38# bowtie2-build命令在安装bowtie2的目录下找到# 第一个hg38.fa代表输入...
将上面的 hg38.fa chromosome 1 的序列 copy 一段 50 bp 使用 bowtie2 比对 # -x 索引名称(目录/base_name=bowtie2_index/GRCh38_noalt_as/GRCh38_noalt_as) # -c 命令行(commande line )输入序列, 多个序列以英文 ,分隔。 bowtie2 -x bowtie2_index/GRCh38_noalt_as/GRCh38_noalt_as -c ...
wgethttp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/bigZips/chromFa.tar.gz 2、解压索引文件 tar -zxvf chromFa.tar.gz 3、将所有fa格式的文件都合并到mm10.fa后构建索引mm10: cat *.fa > mm10.fa bowtie2-build mm10.fa mm10 4.2 单末端测序 ...
wget hgdownload.cse.ucsc.edu 2、解压索引文件 tar -zxvf chromFa.tar.gz 3、将所有fa格式的文件都合并到mm10.fa后构建索引mm10: cat *.fa > mm10.fa bowtie2-build mm10.fa mm10 4.2 单末端测序 使用单末端测序示例文件reads_1.fq,生成example.sam: bowtie2 -p 6 -3 5 --local -x mm10 -...
Connecting to hgdownload.cse.ucsc.edu (hgdownload.cse.ucsc.edu)|128.114.119.163|:21... ^C xingkx 17:42:26 ~/ref/mm9 试图通过网页链接下载小鼠mm9参考基因组失败,于是手动下载。 image.png image.png image.png image.png 不要random文件,要下载md5文件 ...
压缩包有make_grch38_tran.sh文件,详细记录了创建索引的过程。 $ cat make_hg38.sh #!/bin/sh # # Downloads sequence for the HG38 version of H. spiens (human) from # UCSC. # # The base files, named ??.fa.gz # # By default, this script builds and index for just the base files...
wget hgdownload.cse.ucsc.edu 2、解压索引文件 tar -zxvf chromFa.tar.gz 3、将所有fa格式的文件都合并到mm10.fa后构建索引mm10: cat *.fa > mm10.fa bowtie2-build mm10.fa mm10 4.2 单末端测序 使用单末端测序示例文件reads_1.fq,生成example.sam: bowtie2 -p 6 -3 5 --local -x mm10 -...
将上面的 hg38.fa chromosome 1 的序列 copy 一段 50 bp 使用 bowtie2 比对 # -x 索引名称(目录/base_name=bowtie2_index/GRCh38_noalt_as/GRCh38_noalt_as)# -c 命令行(commande line )输入序列, 多个序列以英文 ,分隔。bowtie2 -x bowtie2_index/GRCh38_noalt_as/GRCh38_noalt_as -c ACA...
将上面的 hg38.fa chromosome 1 的序列 copy 一段 50 bp 使用 bowtie2 比对 # -x 索引名称(目录/base_name=bowtie2_index/GRCh38_noalt_as/GRCh38_noalt_as)# -c 命令行(commande line )输入序列, 多个序列以英文 ,分隔。bowtie2 -x bowtie2_index/GRCh38_noalt_as/GRCh38_noalt_as -c ACA...