详细参数设置和更多高级功能，可以通过运行：bowtie2 -h 来查看官方文档。五、往期文章与资源推荐 为了进一步提升您的分析技能，我们推荐以下相关资源和文章：转录组上游分析教程[零基础(完)]一个转录组上游分析流程 | Hisat2-Stringtie转录组无参比对教程 | Trinity这些资源将帮助您深入了解转录组数据分析...
bowtie2[options]*-x<bt2-idx>{-1<m1>-2<m2>|-U<r>}-S[<hit>]必须参数：-x<bt2-idx>由bowtie2-build所生成的索引文件的前缀。首先在当前目录搜寻，然后在环境变量BOWTIE2_INDEXES中制定的文件夹中搜寻。-1<m1>双末端测寻对应的文件1。可以为多个文件，并用逗号分开；多个文件必须和-2<m2>中制定...
aligner_seed_policy.h Fix for non TBB version. Jul 11, 2015 aligner_sw.cpp fixing old edit distance measure to be something more like number of … Sep 29, 2016 aligner_sw.h Fix to build on aarch64 without patching sed commands. ...
aligner_result.h Handle edge cases for TLEN changes, add tests, and clean up whitespace 6年前 aligner_seed.cpp merging in master 8年前 aligner_seed.h Fix overflow issue 4年前 aligner_seed2.cpp removing some old vestigates of colorspace and fuzzy-quality modes 9年前 alig...
--version 打印程序版本并退出 -h/--help 打印用法信息并推出 更多详细信息请阅读:http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml 本文来自:http://www.hzaumycology.com/chenlianfu_blog/?p=178 如果您还有其他问题,请到生物信息问答社区www.BioAsk.net来问问吧,这里有来自中科院、国内外高校、公司...
Li, H. et al. Bioinformatics 25, 2078–2079 (2009). Article Google Scholar Download references Acknowledgements This work was supported in part by US National Institutes of Health grants R01-HG006102 and R01-GM083873 to S.L.S. and an Amazon Web Services in Education Research grant to ...
r6 16 gi|9626243|ref|NC_001416.1| 41607 42 72M2D119M * 0 0 TCGATTTGCAAATACCGGAACATCTCGGTAACTGCATATTCTGCATTAAAAAATCAACGCAAAAAATCGGACGCCTGCAAAGATGAGGAGGGATTGCAGCGTGTTTTTAATGAGGTCATCACGGGATNCCATGTGCGTGACGGNCATCGGGAAACGCCAAAGGAGATTATGTACCGAGGAAGAATGTCGCT 1H#G;H"$E*E#&"*)2%66?=9/9'=...
5. Li H, Durbin R. Fast and accurate long-read alignment with Burrows-Wheeler transform. Bioinformatics. 2010, 26(5): 589-595. 6. Dobin A, et al. STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner. Bioinformatics. 2013, 29(1): 15-21. 这些文献提供了关于Bowtie2的概述、技术说明和性能比较等方面...
bowtie2/ls.h Go to file Copy path 333 lines (294 sloc)11.7 KB RawBlame /* * Copyright 2011, Ben Langmead <langmea@cs.jhu.edu> * * This file is part of Bowtie 2. * * Bowtie 2 is free software: you can redistribute it and/or modify ...
序共用内存中同样的index,节约内存消耗. 其它参数: --qc-filter滤除QSEQ fileter filed为非0的reads.仅当有—qseq选项时有效. Default: off. --seed <int>使用<int>作为随机数产生的种子. Default: 0. --version打印程序版本并退出 -h/--help打印用法信息并推出©...