详细参数设置和更多高级功能,可以通过运行:bowtie2 -h 来查看官方文档。五、往期文章与资源推荐 为了进一步提升您的分析技能,我们推荐以下相关资源和文章:转录组上游分析教程[零基础(完)]一个转录组上游分析流程 | Hisat2-Stringtie转录组无参比对教程 | Trinity这些资源将帮助您深入了解转录组数据分析...
aligner_seed_policy.h Fix for non TBB version. Jul 11, 2015 aligner_sw.cpp fixing old edit distance measure to be something more like number of … Sep 29, 2016 aligner_sw.h Fix to build on aarch64 without patching sed commands. ...
bowtie2/ls.h Go to file Copy path 333 lines (294 sloc)11.7 KB RawBlame /* * Copyright 2011, Ben Langmead <langmea@cs.jhu.edu> * * This file is part of Bowtie 2. * * Bowtie 2 is free software: you can redistribute it and/or modify ...
--version 打印程序版本并退出 -h/--help 打印用法信息并推出 更多详细信息请阅读:http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml 本文来自:http://www.hzaumycology.com/chenlianfu_blog/?p=178 如果您还有其他问题,请到生物信息问答社区www.BioAsk.net来问问吧,这里有来自中科院、国内外高校、公司...
aligner_bt.h Changing my email address 12年前 aligner_cache.cpp Fix an issue with deadlocks when using MCS lock 4年前 aligner_cache.h Fix an issue with deadlocks when using MCS lock 4年前 aligner_driver.cpp Toward more flexible seed placement ...
#include "filebuf.h" using namespace std; /** * Print a reference name in a way that doesn't violate SAM's character * constraints. \*|[!-()+-<>-~][!-~]* (i.e. [33, 63], [65, 126]) */ void SamConfig::printRefName( BTString& o, const std::string& name...
-h 在结果中包含头header -H 只输出头 -S 输入文件为SAM格式,如果确实@SQ头,则需要-t选项 -t FILE 这个文件是以TAB分隔的,每行必须包含参考序列名字(如染色体名),一行只包含单个参考序列名字,其它区域被忽略。这个文件定义排序是的参考序列顺序。如果你运行samtools faidx ref.fa,得到的索引结果文件可以作为这里...
使用Hisat2, Bowtie, Bowtie2和BWA对SE50进行比对 佳名关注IP属地: 云南 0.1682019.09.30 09:13:07字数 19阅读 1,217 Hisat2 ls *.clean.fq.gz |while read id do hisat2 -t -q -p 2 \ -x /media/luozhixin/0000678400004823/Indexs/Hisat2/H.sapiens/grch38/genome \ -U $id 2>${id%%....
A new optical absorption band was found at the peak energy of 17 kcm(590 nm) besides the Clband (22.5 kcm{=}445 nm) in (CHNH)MnCl(n{=}1, 2, 3) irradiated w... T Yoshinari,T Ebihara,I Kotani,... - 《Journal of the Physical Society of Japan》 被引量: 1发表: 2007年 Adsorp...
一种形状像布袋结构的烯烃分子Bowtiediene,其形状和结构如下图所示,有关该分子的说法不正确的是A. 该烯烃的分子式为C5H4B. 1 mol该有机物最多可与2 m