[alignment] aligner = /mnt/data/software/bowtie2 ref = /mnt/data/reference/hg19.fasta aligner_opts = --very-fast -p 8 aligner:指定分析使用的bowtie2软件的路径 ref:指定分析使用的参考序列 aligner_opts :bowtie2的参数 同样地,配置文件的这种方式,是可以使得封装的工具版本的变动和参数的调整,不影...
准备好基因组的文件及hg19.fa,然后调用bowtie2。 #hg19.fa 基因组fa文件 #hg19 索引前缀 #bowtie2-build 构建参考基因组索引文件 $bowtie2-build hg19/hg19.fa hg19/hg19 Settings: Output files: 'hg19/hg19.*.bt2' Line rate: 6 (line is 64 bytes) Lines per side: 1 (side is 64 bytes) Offse...
#hg19 索引前缀 #bowtie2-build 构建参考基因组索引⽂件 $bowtie2-build hg19/hg19.fa hg19/hg19 Settings:Output files: 'hg19/hg19.*.bt2'Line rate: 6 (line is 64 bytes)Lines per side: 1 (side is 64 bytes)Offset rate: 4 (one in 16)FTable chars: 10 Strings: unpacked Max bucket ...
<bowtie_index>:参考基因组的index文件的具体目录,参考基因组应该和index文件放在同一目录中。index数据文件需要给出目录以及目录文件的共同前缀,例如,index文件存放在当前目录下的index文件夹,文件的名字是hg19.*.*, index数据的文件应该是:./index/hg19。
必须注意的是,bowtie2 -x这里一定要写好路径,并且是写到前缀,于是可以看到index这个变量就指定到了hg19这里 既然是第二代,那么它的第一代有啥区别? 之前其实一直没有考虑过这个问题,因为大家都用bowtie2,而且各种文章也是用新的版本。就是“喜新厌旧”吗?其实这些在官网都有说过,只不过没有特殊情况,我们一般也...
bwa sampehg19_genome.faaln_test1.sai aln_test2.sai test1.fastq test2.fastq> aln_test.sam 1Bowtie2的比对 小编发现研究这通常都会用Bowtie2与bwa进行比较,于是用Bowtie2对SRR716647也进行了测试: 第一步同样也是建立索引: bowtie2-build genome.fa genome ...
$ bwa index-a bwtsw hg19.fa# 产生.bwt .pac .ann .amb .sa五个新文件# -a:两种构建index算法,bwtsw以及is,bwtsw适用大于10MB的参考基因组,比如人,is适用于小于2GB的数据库,是默认的算法,速度较快,需要较大的内存,# -p:输出数据库的前缀,默认与输入文件名一致,这里我没有加这个参数,直接输出到当前...
Executing:/home/pub/software/bowtie2/bowtie2-inspect/home/pub/database/Human/hg19/bowtie2_db/hg19.fa >/home/xudl/mrna/15B1230A/data_analysis/map/tophat2/CASE2/tmp/hg19.fa.fa tophat2 在指定的bowtie2的索引目录下没有找到对应的名称为bowtie2_index.fa 的参考基因组文件,第一步首先根据 ...
使用tophat来mapping reads。其命令常见的形式为:/path-to-bowtie-programs/tophat-o-p cpu/path-to-genome-index/prefix fastq fileForexample:/programs/tophat-o TophatOutput/-p8/programs/indexes/hg19 Experiment1.fastq Paired-end Example:/programs/tophat-o TophatOutputPE/-p8/programs/indexes/hg19 ...
准备好基因组的文件及hg19.fa,然后调用bowtie2。 #hg19.fa 基因组fa文件 #hg19 索引前缀 #bowtie2-build 构建参考基因组索引文件 $bowtie2-build hg19/hg19.fa hg19/hg19 Settings: Output files: 'hg19/hg19.*.bt2' Line rate: 6 (line is 64 bytes) Lines per side: 1 (side is 64 bytes) Offse...