unzip bowtie2-2.2.9-linux-x86_64.zip# 2.建立bowtie2索引:cd~/software/reference/GRCh38_bowtie2/# 索引存放目录### hg38 index/home/username/software/bowtie2/bowtie2-2.5.3-linux-x86_64/bowtie2-build hg38.fa hg38# bowtie2-build命令在安装bowtie2的目录下找到# 第一个hg38.fa代表输入...
#bowtie2-build 构建参考基因组索引⽂件 $bowtie2-build hg19/hg19.fa hg19/hg19 Settings:Output files: 'hg19/hg19.*.bt2'Line rate: 6 (line is 64 bytes)Lines per side: 1 (side is 64 bytes)Offset rate: 4 (one in 16)FTable chars: 10 Strings: unpacked Max bucket size: default Max ...
conda install-c bioconda hisat2 conda install-c bioconda bowtie conda install-c bioconda bowtie2 conda install-c bioconda bwa 2 构建基因组索引文件 2.1 Hisat2 hisat2-build -p 2 genome.fa genome hisat2-build不支持基因组以压缩文件的形式输入,运行完成后,生成8个后缀名为ht2的文件。
准备好基因组的文件及hg19.fa,然后调用bowtie2。 #hg19.fa 基因组fa文件 #hg19 索引前缀 #bowtie2-build 构建参考基因组索引文件 $bowtie2-build hg19/hg19.fa hg19/hg19 Settings: Output files: 'hg19/hg19.*.bt2' Line rate: 6 (line is 64 bytes) Lines per side: 1 (side is 64 bytes) Offse...
由于文件解压出来后较大,可能会解压很长时间,等一会就好。 解压出来的hg38.fa文件可以用于后续使用。 2、 建立索引(bowtie2) 文件准备:hg38.fa source activate wes #进入到conda小环境 bowtie2-build hg38.fa hg38 #bowtie2 建立索引 建立索引的时间真的超级长!!! 可以挂到服务器后台运行...
2.构建bowtie2索引 对于生信小白我而言,摆在我面前的主要有两个问题:bowtie2是干嘛的软件?为什么要构建bowtie2索引? 问题1:bowtie2是干嘛的软件? Bowtie是一个超级快速的,较为节省内存的短序列拼接至模板基因组的工具。它在拼接35碱基长度的序列时,可以达到每小时2.5亿次的拼接速度。
准备好基因组的文件及hg19.fa,然后调用bowtie2。 #hg19.fa 基因组fa文件 #hg19 索引前缀 #bowtie2-build 构建参考基因组索引文件 $bowtie2-build hg19/hg19.fa hg19/hg19 Settings: Output files: 'hg19/hg19.*.bt2' Line rate: 6 (line is 64 bytes) ...