使用core_nt进行核苷酸BLAST搜索与nt数据库类似,但core_nt更适合常见的BLAST搜索目标,如识别基因相关序列(如转录本和完整的细菌染色体)。近年来,nt数据库包含了更多低相关性、未注释和非基因内容。 示例: 图片显示了使用果蝇rosy基因转录本进行BLAST搜索时core_nt与nt结果的比较。 image.png 如果您感兴趣对包括全长...
nohup perl update_blastdb.pl --decompress nt&> update.log& 后台下载并自动解压,如果中途断网,重启下载支持断点续传,很方便。 可惜的是,如果网速不好,80多GB的压缩文件,很难下载下来,最好用我们之前介绍过的Aspera软件高速下载,其安装方法见之前文章:Aspera:基因组数据高速下载利器,以NCBI和EBI数据下载为例 As...
nt为核酸数据库,nr为蛋白质数据库 008、使用命令行下载 a、 [root@PC1 test02]#wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nr.gz[root@PC1 test02]#wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nt.gz b、解压 [root@PC1 test02]#gunzip nr.gz[root@PC1 test02]#gun...
tar-zxvf ncbi-blast-2.11.0+-x64-linux.tar.gz#加入到环境变量exportPATH=$PATH:$PWD/ncbi-blast-2.11.0+/bin nt/nr fasta下载 从NCBI(ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/ )下载nt、nr fasta文件。 wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nt.gz wget ftp://ftp.ncbi.nlm....
通过查看 README,我们知道 nt 和 nr 库的内容:nr 是蛋白库(非冗余的),nt 是核酸库(部分非冗余的)。 下载blast 库 BLAST+程序包中提供了一个脚本update_blastdb.pl可以方便地下载 blast数据库。 首先用以下命令查看有哪些数据库可供下载: 代码语言:javascript ...
自2024年8月起,NCBI将推出新的BLAST核心核苷酸数据库(core_nt),作为blast默认数据库。 原有的NCBI blast默认库是赫赫有名的NT库。NCBI的nt库(nucleotide database)是一个包含大量核苷酸序列的数据库,广泛用于生物信息学和基因组研究。nt库包含来自各种生物体的核酸序列,包括真核生物、原核生物和病毒的基因组、转录...
如果您不知道您的测序结果的确切序列,那么在下拉菜单中选择一种BLAST序列数据库。通常,我们使用默认的核苷酸数据库“核苷酸集合(nr/nt)”。因为它了包含了GenBank,EMBL,DDBJ和PDB这些数据库序列的组合,可能是最全面的搜索。 如果您知道您的测序结果所匹配的物种,请在“物种“一栏中输入通用名或学名。这一条小信息...
nr库就是蛋白库，blastx就是用来将核酸序列比对到蛋白库上的。nt就是核酸库
“Database”可以选择引物特异性检测的数据库。一般选择“nt”和“Refseq RNA”数据库,可以检测到引物可能扩增到的非特异性片段。 ①Refseq mRNA:包含了NCBI Refseq 数据库中编码蛋白质的mRNA。适用于序列类型为mRNA的情况; ②Refseq representative genomes:以最小冗余度建立,包含了从NCBI Refseq基因组数据库中选择的...
首先，我们来了解一下Nucleotide BLAST。Nucleotide BLAST是一款用于核苷酸与核苷酸比对的工具。在进行比对时，您需要从“Standard database”中选择一个具体数据库进行操作。各个数据库包含的序列信息有所不同，因此选择合适的数据库至关重要。1. Nucleotide collection（nr/nt）：包含GenBank、EMBL、DDBJ、PDB...