序列相似性比较:就是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较,用于确定该序列的生物属性,也就是我出与此序列相似的已知序列是什么。完成这一工作只需要使用两两序列比较算法。常用的程序包有BLAST、FASTA等。 Blast主要程序 1.打开blast(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) 2.输入比对序列及参数 3. B...
一、在线使用NCBIBLAST NCBI提供了一个在线的BLAST界面,用户可以直接在浏览器中使用。具体步骤如下: 1. 打开NCBI网站,点击"Blast"选项卡,然后选择需要比对的序列类型,例如,DNA、蛋白质或者其他。 2. 复制并粘贴待比对的序列到"Enter Query Sequence"文本框中。或者,您也可以选择上传一个FASTA格式的文件。 3.选择...
BLAST使用方法 一、BLAST的安装和准备工作 2.获取待比对的序列文件,可以是FASTA格式的DNA或蛋白质序列。 二、BLAST的常用参数和选项 1. Program:指定使用哪种BLAST程序(如BLASTn、BLASTp等)。 2. Database:指定使用哪个数据库进行比对。 3. Query:指定待比对的序列文件。 4. E-value:期望值。一种描述比对结果...
10. 使用cmd进入blast的db文件夹下运行命令blastn.exe -task blastn -query testseq.fasta -db testdb.fasta -out text.txt。其中blastn.exe为执行程序的命令，如果为蛋白则为blastp。-task为要执行的程序的名称，跟随执行命令改动。-query为查询序列，-db为格式化好的数据库文件，-out为输出文件。
NCBI BLAST使用教程及BLASTP比对结果分析BLAST，全称为Basic Local Alignment Search Tool，是NCBI提供的序列相似性搜索工具。它将用户提供的核酸或蛋白质序列与公开数据库进行匹配，找出相似序列，具有在线和单机版两种使用方式。针对特定需求，如批量处理或涉及隐私保护，推荐下载单机版。BLASTP检索步骤1.1 ...
要使用tblastn,您需要在BLAST平台上先下载和安装BLAST软件。然后,按照以下步骤使用tblastn:1. 准备查询序列:将您要搜索的蛋白质序列保存为一个文件,格式可以是FASTA或纯文本。...
一、blastn使用 1. 建库 makeblastdb -in xxx.fa -dbtype nucl 2. 进行序列比对 blastn -query yyy.fa -db xxx.fa -out out.txt -evalue 1e-5 -outfmt 6 -db: 指定blast搜索用的数据库,同建库步骤的序列 -query:用来查询的输入序列,fasta格式 ...
四、Blast的使用方法 query序列的准备 比对脚本的准备 比对结果的说明 一、本地Blast用途介绍: 在我们平时的学习、实验、和数据分析的时候经常会遇到将某条序列或者某个fasta文件比对到某个数据库的情况。虽然现在在线做序列比对的数据库网站非常的丰富, 但有时候受到网速的制约和需要根据自己的实验目的进行个性化的数据...
2.本地BLAST的使用 3.网络版BLAST的使用 一、BLAST简介 1.什么是BLAST BLAST是“局部相似性基本查询工具”(Basic Local Alignment Search Tool)的缩写,是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)开发的一个基于序列相似性的数据库搜索程序,是目前最常用的数据库搜索程序。 BLAST实际是综合在一起的一组工具的统称,它不仅...