2.本地BLAST的使用 3.网络版BLAST的使用 一、BLAST简介 1.什么是BLAST BLAST是“局部相似性基本查询工具”(Basic Local Alignment Search Tool)的缩写,是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)开发的一个基于序列相似性的数据库搜索程序,是目前最常用的数据库搜索程序。 BLAST实际是综合在一起的一组工具的统称,它不仅...
第1行为blast软件的版本号,第2行为查询序列的登录号,第3行为blast使用的数据库,第4行Fields后面的各个名称分别对应下方比对结果中各列,第5行为查询序列比对上的数据库中的序列数量。 根据第5行的注释信息,下方的比对结果各列分别为1)查询序列登录号;2)目标序列登录号;3)identity(两个序列能比对上的部分完全相同的...
-max_target_seqs:显示此数量对齐(query)序列的比对结果,默认500,与num_descriptions 或 num_alignments 不兼容,作用于outformt>4 五、使用注意 《Misunderstood parameter of NCBI BLAST impacts the correctness of bioinformatics workflows》这篇文章所说-max_target_seqs输出的并不是最优匹配的一条结果,其输出取决...
建库结果: 如果建立的是核酸库,输出为db.seq.nhr、db.seq.nin、db.seq.nsq三个文件,若选择了“-o T”,还会同时输出db.seq.nsd、db.seq.nsi、db.seq.nni、db.seq.nnd四个文件,一共七个。 蛋白库和核酸库的输出类似,相应的输出文件为:db.seq.nhr、db.seq.nin、db.seq.nsq和db.seq.nsd、db.seq.ns...
1、序列比对,绝大多数战友都会想到BLAST,但BLAST的使用确实乂是一个很大 的难题,因为他的功能比较强悍,里面涉及到的知识比较多,而且比对结束后输出 的结果参数(指标)乂很多。如果把BLAST的使用详细的都讲出来,我想我发帖 发到明天也发不完,更何况我自己也不是完全懂得BLAST的使用。所以我在这里也就曲龙点睛” 比...
blastn使用教程及结果详解 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 是我们常用的短序列比对工具,直接输入fasta格式的序列文件就可进行比对 一、安装blast BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 是我们常用的短序列比对工具,直接输入fasta格式的序列文件就可进行比对。
一、在线使用NCBIBLAST NCBI提供了一个在线的BLAST界面,用户可以直接在浏览器中使用。具体步骤如下: 1. 打开NCBI网站,点击"Blast"选项卡,然后选择需要比对的序列类型,例如,DNA、蛋白质或者其他。 2. 复制并粘贴待比对的序列到"Enter Query Sequence"文本框中。或者,您也可以选择上传一个FASTA格式的文件。 3.选择...
Blast使用详解 Blast,全称Basic Local Alignment Search Tool,即“基于局部比对算法的搜索工具”,由Altschul等人于1990年发布。Blast能够实现比较两端核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能,它能够快速的找到两段序列之间的同源序列并对比对区域进行打分以确定同源性的高低。
BLAST是生命科学研究中常用的一套在蛋白质数据库或核酸数据库中进行序列相似性比对的一套分析工具。英文全称是Basic Local Alignment Search Tool。NCBI作为生命科学研究领域使用最为广泛的数据库之一,深受广大科研工作者青睐。辉骏生物给大家简单介绍一下NCBI上的blast比对。 NCBI上的blast分为四种:Nucleotide ...