1.本地BLAST的安装 2.本地BLAST的使用 3.网络版BLAST的使用 一、BLAST简介 1.什么是BLAST BLAST是“局部相似性基本查询工具”(Basic Local Alignment Search Tool)的缩写,是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)开发的一个基于序列相似性的数据库搜索程序,是目前最常用的数据库搜索程序。 BLAST实际是综合在一起的一...
Matrix(矩阵):对于BLASTP,共有8个氨基酸替换矩阵可选择,默认BLOSUM62。 对于短序列查询,建议使用PAM30矩阵(https://share.mubu.com/doc/3a3Wxo_Lzru)。 Gap costs(空位成本):空位分数包括打开罚分和延伸罚分,空位成本被设定为G(10,15),L(1,2),又叫仿射空位罚分。 Compositional adjustment(组成校正):一个...
NCBI在线版Blast的使用指南如下：一、选择Blast类型 blastp：用于蛋白质序列之间的比对。 blastn：用于核酸序列之间的比对。 blastx：将核酸序列翻译成蛋白质后，进行蛋白质序列的比对。 tblastn：将蛋白质序列与核酸数据库中的翻译产物进行比对。 tblastx：将两种核酸序列翻译成蛋白质后，在蛋白质水平上进行...
在浏览器中搜索“blast”，进入其界面后，选择“Nucleotide BLAST”选项，因为我们要进行的是核酸序列的比对。在进入“Nucleotide BLAST”界面后，将需要比对的核酸序列粘贴到指定的输入框中，并确保选择正确的数据库进行搜索。BLAST过程与结果解读 勾选“在新页面显示内容”选项，然后点击“BLAST”按钮。在点击“BLAST”...
Blast是一种基于局部比对算法的工具,它可以在大规模的数据库中快速搜索相似的序列。通过比对查询序列和数据库中的序列,Blast可以找到相似度较高的序列,从而推测它们之间的功能和结构的相似性。 二、Blast的使用步骤 1. 准备查询序列 在使用Blast之前,首先需要准备查询序列。查询序列可以是DNA序列或蛋白质序列,可以通过...
一、在线使用NCBIBLAST NCBI提供了一个在线的BLAST界面,用户可以直接在浏览器中使用。具体步骤如下: 1. 打开NCBI网站,点击"Blast"选项卡,然后选择需要比对的序列类型,例如,DNA、蛋白质或者其他。 2. 复制并粘贴待比对的序列到"Enter Query Sequence"文本框中。或者,您也可以选择上传一个FASTA格式的文件。 3.选择...
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BLAST的本地安装和简单使用如下：安装： 傻瓜版安装： 从NCBI官网下载傻瓜版安装包。 按照安装向导的提示进行安装，安装程序会自动设置环境变量。绿色版安装：从NCBI官网下载绿色版安装包。解压下载的压缩包，并将解压出的文件夹移动到预设的安装目录。手动添加安装目录下的bin文件夹路径到系统环境变量...
2,粘贴fasta格式的序列(可以是多条奥!!)或使用Accession number(s)、gi(s)(注意仅使用数字,不加上标志符gi)。选择一个要比对的数据库,如果是人和鼠则进行相应的选择,否则选择Others中的nr/nt 。关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。其他选项不是必选的,如Job Title就是这次比对的名字,随便起...