需要批量处理、对数据库有特殊要求。涉及序列隐私等情况可以下载使用单机版。 一、BLAST界面 网址:https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/ 二、Blastp检索 1.基本检索 1.1 enter query sequence(输入查询序列) query subrange(序列范围):默认全部 1.2 choose search set (选择搜索数据库) ...
用makeblastdb为BLAST建立数据库 选择BLAST工具,blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等 运行BLAST工具,在有必要的情况下还可以对输出结果进行修饰以得到自己想要的结果格式 第一步 BLAST数据库的构建 格式化蛋白质数据库: makeblastdb-inspinach.fa-parse_seqids-hash_index-outspinach_DB-dbtype prot 格式化...
Blast简介(一)BLAST是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)开发的一个基于序列相似性的数据库搜索程序。BLAST是“局部相似性基本查询工具”(BasicLocalAlignmentSearchTool)的缩写。8 Blast简介(二)Blast是一个序列相似性搜索的程序包,其中包含了很多个独立的程序,这些程序是根据查询的对象和数据库的不同来定义的。
1、query序列的准备: 在G:\blast-2.7.1文件夹下创建的文本文件,将需要查询到的序列以fasta格式保存到中,我们已两条拟南芥的蛋白序列为例。 2、查询命令的准备: 在G:\blast-2.7.1文件夹下创建的文本文件,使用blast的命令: 1 相关参数说明: 程序执行命令,exe 前的程序根据自己的需要而换,包括blastn,blatp,tb...
一、安装blast BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 是我们常用的短序列比对工具,直接输入fasta格式的序列文件就可进行比对。 ## 下载Blast wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.10.0+-x64-linux.tar.gz ...
从最初的BLAST发展到现在NCBI提供的BLAST2.0,已将有缺口的比对序列也考虑在内了。BLAST可处理任何数量的序列,包括蛋白序列和核算序列;也可选择多个数据库但数据库必须是同一类型的,即要么都是蛋白数据库要么都是核酸数据库。所查询的序列和调用的数据库则可以是任何形式的组合,既可以是核酸序列到蛋白库中作查询,也...
PCR数据处理-使用Excel计算Delta Ct -How To Perform The Delta-Delta Ct Method (In Excel) 461 -- 3:00 App SnapGene 7.1.2 Win 【中/英可切换】新版 下载安装教程 批量授权 永久激活 一键直接安装 亲测稳定不闪退 老版本闪退已淘汰 支持win7-11 1.3万 6 10:45 App Western Blot结果分析教程(适合初学...
BLASTP检索步骤1.1 输入查询序列,可自定义序列范围,默认全部。1.2 选择搜索数据库,一般选择nr/nt,可根据需要选择特定物种。1.3 筛选程序选择,如期望值、单词长度等参数进行设定。2. 算法参数: - 基本参数如最大显示条目、短查询序列影响期望值和范围长度。 - 得分参数包括矩阵选择(如...
blast200532 Motif RNA 31.2.BlastBlast3.Blast4.Blast()5.fasta4(similarity)AB804/55(homology)ABAB806AB807序列相似性比较:就是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较,用于确定该序列的生物属性,也就是找出与此序列相似的已知序列是什么。完成这一工作只需要使用两两序列比较算法。常用的程序包有BLAST、FASTA...