软件默认是使用megablast进行比对,如果我们想使用其它程序,可以在命令后面加入参数,其中-task dc-megablast代表选择discontiguous megablast程序进行比对,-task blastn代表选择blastn程序进行比对。比如: blastn -query query.fa -db database -out out.txt -outfmt 7 -max_h
BLAST的使用方法与参数选项调整 BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是一种在生物信息学中广泛使用的序列比对工具,可以用于搜索数据库中的序列,并找到与之相似的序列。以下是BLAST的基本用法: 1.选择BLAST软件:BLAST包括多种算法,如BLASTN、BLASTP、BLASTX、TBLASTN和TBLASTX等。根据需要搜索的序列类型,选择相应...
BLAST使用方法 一、BLAST的安装和准备工作 2.获取待比对的序列文件,可以是FASTA格式的DNA或蛋白质序列。 二、BLAST的常用参数和选项 1. Program:指定使用哪种BLAST程序(如BLASTn、BLASTp等)。 2. Database:指定使用哪个数据库进行比对。 3. Query:指定待比对的序列文件。 4. E-value:期望值。一种描述比对结果...
这里只演示blastx的使用方法。 刚才下载的nr库就是蛋白库,blastx就是用来将核酸序列比对到蛋白库上的。(nt就是核酸库) 因为我们下载的是已经建好索引的数据库,所以省去了makeblastdb的过程。 常见的命令有下面几个: -query <File_In> 要查询的核酸序列 -db <String> 数据库名字 -out <File_Out> 输出文件 ...
四、Blast的使用方法 1、query序列的准备 2、查询命令的准备 3、比对结果说明 一、本地Blast用途介绍: 在我们平时的学习、实验、和数据分析的时候经常会遇到将某条序列或者某个fasta文件比对到某个数据库的情况。虽然现在在线做序列比对的数据库网站非常的丰富, 但有时候受到网速的制约和需要根据自己的实验目的进行个...
BLAST+使用方法 BLAST+与BLAST相比,有很多改进和提高,NCBI强烈推荐放弃BLAST,使用BLAST+, 这里说的BLAST和BLAST+,都是本地的,与之前的那个批量BLAST小程序不是一回事。BLAST下载地址:NCBI BLAST+。BLAST+的一般用法如下: 格式化数据库 makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname...
NCBI在线BLAST使用方法与结果详解 BLASTBasic Local Alignment Search Tool是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具;BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较;BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明; BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列; Blast中常用的程序介绍:...
Blast使用方法攻略 Blast使⽤⽅法攻略 结果12列 Query id,Subject id,% identity,alignment length,mismatches,gap openings,q. start,q. end,s. start,s. end,e-value,bit score Blast，全称Basic Local Alignment Search Tool，即"基于局部⽐对算法的搜索⼯具"，由Altschul等⼈于1990年发布。Blast能够...
blastn使用方法及结果详解 一、blastn使用 1. 建库 makeblastdb -in xxx.fa -dbtype nucl 2. 进行序列比对 blastn -query yyy.fa -db xxx.fa -out out.txt -evalue 1e-5 -outfmt 6 -db: 指定blast搜索用的数据库,同建库步骤的序列 -query:用来查询的输入序列,fasta格式...
1、NCBI在线BLAST使用方法与结果详解BLASTBasic Local Alignment Search Tool是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。Blast中常用的程序介绍...