BLAST的使用方法与参数选项调整 BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是一种在生物信息学中广泛使用的序列比对工具,可以用于搜索数据库中的序列,并找到与之相似的序列。以下是BLAST的基本用法: 1.选择BLAST软件:BLAST包括多种算法,如BLASTN、BLASTP、BLASTX、TBLASTN和TBLASTX等。根据需要搜索的序列类型,选择相应...
BLAST使用方法 一、BLAST的安装和准备工作 2.获取待比对的序列文件,可以是FASTA格式的DNA或蛋白质序列。 二、BLAST的常用参数和选项 1. Program:指定使用哪种BLAST程序(如BLASTn、BLASTp等)。 2. Database:指定使用哪个数据库进行比对。 3. Query:指定待比对的序列文件。 4. E-value:期望值。一种描述比对结果...
bit score(比特打分)(S值):评价比对结果(同源性或相似相),其值越大越好。(bit score通过对score(原始打分)进行归一化处理,使得使用不同打分矩阵得到的结果依然可以进行对比。) score(原始打分):blast的时候,根据打分矩阵(如BLOSUM62、PAM矩阵、PSSM 位置特异性矩阵)打的分,称为原始打分,其值越大越好。但不同的...
本地blast使用方法 工具/原料 blast 方法/步骤 1 1.实现blast的下载与安装操作如下 2 2.实现用户环境变量设置操作如下 3 3.实现查看程序版本信息的操作如下 4 4.实现blast本地数据库的构建的操作如下 5 5.数据的格式化操作如下 6 6.实现格式化nr.fasta命令如下 7 7.实现blsat运行命令如下 ...
四、Blast的使用方法 1、query序列的准备: 在G:\blast-2.7.1文件夹下创建的文本文件,将需要查询到的序列以fasta格式保存到中,我们已两条拟南芥的蛋白序列为例。 2、比对脚本的准备: 在G:\blast-2.7.1文件夹下创建的文本文件,使用blast的脚本: 相关参数说明: ...
下面是具体操作方法 1,进入在线BLAST界面,可以选择blast特定(de)物种(如人,小鼠,水稻等),也可以选择blast所有(de)核酸或蛋白序列.不同(de)blast程序上面已经有了介绍.这里以常用(de)核酸库作为例子. 2,粘贴fasta格式(de)序列.选择一个要比对(de)数据库.关于数据库(de)说明请看NCBI在线blast数据库(de)简要说明...
下面是具体操作方法 1,进入在线BLAST界面,可以选择blast特定的物种(如人,小鼠,水稻等),也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。不同的blast程序上面已经有了介绍。这里以常用的核酸库作为例子。 2,粘贴fasta格式的序列。选择一个要比对的数据库。关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。一般的话参数默认。
使用BLAST进行基因序列比对的方法 BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是美国国立生物技术信息中心(NCBI)开发的一个基于序列相似性的数据库搜索程序。该程序将DNA/蛋白质序列与公开数据库所有序列进行匹配比对,从而找到相似序列。 序列相似性比较是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较,用于确定该序列的生物属性...
在线BLAST的使用方法与结果解释。 BLAST四分类 BLAST:Basic Local Alignment Search Tool,采用一种局部序列比对的算法分析两个序列中的相似区域,并计算统计显著性,包括: Nucleotide BLAST 核酸序列到核酸库中的一种查询,库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一的核酸序列比对。
blastn使用方法及结果详解 一、blastn使用 1. 建库 makeblastdb -in xxx.fa -dbtype nucl 2. 进行序列比对 blastn -query yyy.fa -db xxx.fa -out out.txt -evalue 1e-5 -outfmt 6 -db: 指定blast搜索用的数据库,同建库步骤的序列 -query:用来查询的输入序列,fasta格式...