1.获得蛋白质序列比对结果: blastp -query TP53B.fasta -db ./database/swissprot -evalue 0.001 -out TP53B.out 主要参数说明; blastp:使用的比对程序(此处为蛋白质序列和蛋白质序列的比对) -query:表示自己想要比对的FASTA格式的蛋白质序列(测序所得或从NCBI下载,此处为TP53B.fasta) -db:是3.1中所建立的...
目录 收起 1.下载安装linux版本 2.使用 3.参数 4.参考 blast安装包网址:Index of /blast/executables/blast+ 我安装的是2.9.0版本 1.下载安装linux版本 wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.9.0/ncbi-blast-2.9.0+-x64-linux.tar.gz tar -xzvf ncbi-blast-2.9.0+-x...
第一步:安装BLAST 在Linux系统中,BLAST有如下几个版本可供选择:BLAST+和NCBI BLAST。BLAST+是由NCBI提供的较新版本,拥有更多的功能和改进的性能。NCBI BLAST是由NCBI提供的经典版本。在本文中,我们将介绍如何安装BLAST+。 1.打开终端并使用sudo su命令切换到超级用户模式。 sudo su 2.更新软件包列表。 apt-get ...
BLAST命令有多个版本,其中最常见的是NCBI BLAST+软件包。NCBI BLAST+提供了一系列命令行工具,用于执行各种比对任务。 以下是使用BLAST命令进行序列比对和相似性搜索的简要步骤: 1. 安装NCBI BLAST+软件包:可以通过包管理器直接安装,例如在Ubuntu上可以使用以下命令: “`shell sudo apt-get install ncbi-blast+ “` ...
使用Blast进行序列比对 在Linux中使用Blast进行序列比对很简单。下面是从安装到使用Blast的简要步骤。 安装Blast: 使用以下命令从NCBI网站下载Blast安装包: $ wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.11.0+-x64-linux.tar.gz ...
图1 BLAST blastn:核酸搜核酸数据库blastp:蛋白质搜蛋白质数据库 blastx:DNA用所有可能的阅读框翻译成翻译成蛋白后搜蛋白数据库 tblastn:查询的蛋白序列搜索核酸数据库中,DNA序列翻译后的蛋白序列 tblastx:核酸序列翻译成蛋白质后搜索核酸数据库中的核酸序列翻译后的蛋白质序列。也就是查询的蛋白和数据库中的DNA都...
-a:运行BLAST程序所使用的处理器的数目,缺省值1 -S:在数据库中搜索时所使用的核酸链 (strand),只对blastn、 blastx和tblastx有效;1表示top,2表示bottom,3表示both;缺省值3 -T:产生HTML格式的输出I/F],缺省值F -n:使用MegaBlast搜索(T/F],缺省值F ...
解释:系统的PATH环境变量中包含/usr/local/bin,在命令行下调用blast包中的程序时,系统会去/usr/local/bin路径下寻找相应的命令程序 建议:简单起见,你可以略过这一步,除非你希望当使用其他用户登录后,也可以直接输入程序名来使用你安装的blast 2、制作软链接,将解压后的文件中bin目录链接至/home/username下,eg:ln...
cd /home/bioinfo/bigdata/tools/ncbi-blast-2.13.0+-src/c++/ReleaseMT/build && /usr/bin/make all_r#or simply run /usr/bin/make in the current directory#进入编译目录cdReleaseMT/build#使用make all_r递归的对所有文件进行编译#make all_r for a recursive make#而使用make all仅对所在目录进行编...