BLAST是“局部相似性基本查询工具”(Basic Local Alignment Search Tool)的缩写,是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)开发的一个基于序列相似性的数据库搜索程序,是目前最常用的数据库搜索程序。 BLAST实际是综合在一起的一组工具的统称,它不仅可用于直接对核酸序列数据库和蛋白质序列数据库进行搜索,而且可以将带搜索的...
BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)局部相似性基本查询工具。是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)开发的一个基于序列相似性的数据库搜索程序。该程序将核酸/蛋白质序列与公开数据库所有序列进行匹配比对,从而找到相似序列。 有在线和单机版两种 需要批量处理、对数据库有特殊要求。涉及序列隐私等情况可以下载使用单...
一般选择“nt”和“Refseq RNA”数据库,可以检测到引物可能扩增到的非特异性片段。 ①Refseq mRNA:包含了NCBI Refseq 数据库中编码蛋白质的mRNA。适用于序列类型为mRNA的情况; ②Refseq representative genomes:以最小冗余度建立,包含了从NCBI Refseq基因组数据库中选择的参考和代表性基因组。可以判断序列的基因结构、...
BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是由NCBI(National Center for Biotechnology Information)开发的基于局部比对算法的一组搜索工具。BLAST包含有NCBI的很多数据库。 BLAST主要包括BLASTn,BLASTp,BLASTx,tBLASTn 和tBLASTx。 官网:BLAST: Basic Local Alignment Search Tool (nih.gov) ...
BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是由NCBI(National Center for Biotechnology Information)开发的基于局部比对算法的一组搜索工具。BLAST包含有NCBI的很多数据库。 BLAST主要包括BLASTn,BLASTp,BLASTx,tBLASTn 和tBLASTx。 官网:BLAST: Basic Local Alignment...
1.打开NCBI网站 首先,打开浏览器,输入NCBI的网址(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/),进入NCBI的官方网站。 2.进入BLAST页面 在NCBI的主页上,找到“BLAST”或“BLAST and Alignments”选项,并点击进入BLAST页面。 3.输入查询序列 在BLAST页面上,找到“Enter Query Sequence”或“Enter accession number, gi, or FA...
一、在线使用NCBIBLAST NCBI提供了一个在线的BLAST界面,用户可以直接在浏览器中使用。具体步骤如下: 1. 打开NCBI网站,点击"Blast"选项卡,然后选择需要比对的序列类型,例如,DNA、蛋白质或者其他。 2. 复制并粘贴待比对的序列到"Enter Query Sequence"文本框中。或者,您也可以选择上传一个FASTA格式的文件。 3.选择...
BLAST算法以及实现它的程序由美国国家生物技术信息中心（NCBI）的Eugene Myers、Stephen Altschul、Warren Gish、David J. Lipman及Webb Miller博士开发的。背景介绍 BLAST是一个被广泛使用于分析生物资讯的程式，因为它可以兼顾我们在做搜寻时的速度以及搜寻结果的精确度。因为当我们所要搜寻的目标数据库非常庞大的时候，...
如果您对更快的核苷酸BLAST搜索以及更聚焦的搜索结果感兴趣,正如先前公告的那样,NCBI一直在重新评估BLAST核苷酸数据库(nt),以使其更加紧凑和高效。感谢您的反馈,NCBI的BLAST团队很高兴推出核心核苷酸数据库(core_nt),它是默认nt数据库的替代方案,包含更明确的内容,且数据库大小不到原先的一半。