第2 种:outfmt 1 这种格式只保留了序列比对信息,给出输入序列,库中一致的用.表示,不一致的会显示不一致的碱基,可读性更强。 第3 种:outfmt 2 与第二种一致,只是序列展示有区别,所有比对的序列都保留碱基序列格式。 第4-5 种:outfmt 3/4 两种输出格式与第二、三种格式完全一致。 第6 种:outfmt 5 这种格...
只保留序列比对信息，用.表示库中一致的碱基，不一致显示具体碱基，易于阅读。第3种：outfmt 2 与第2种类似，但所有比对序列均保留碱基序列格式。第4-5种：outfmt 3/4 与第2-3种格式相同，输出内容一致。第6种：outfmt 5 以XML格式输出，方便多种编程语言解析，每条输入序列及比对结果以嵌套方式整理...
blastn -query input.fasta -db database -out output.txt -outfmt " 7 qaccver saccver pident length mismatch qlen qstart qend sstart send qseq evalue bitscore" -num_threads 10 -word_size#也可以尝试7的格式。 在这个示例中,blastn是BLAST程序的名称,input.fasta是输入文件,database是BLAST数据库...
blastn -query input.fasta -db database -out output.txt -outfmt " 7 qaccver saccver pident length mismatch qlen qstart qend sstart send qseq evalue bitscore" -num_threads 10 -word_size#也可以尝试7的格式。 在这个示例中,blastn是BLAST程序的名称,input.fasta是输入文件,database是BLAST数据库...
-outfmt:输出文件格式,总共有15种,一般设置为6。6是tabular格式对应BLAST的m8格式,其输出结果示例为: 以下是各个数字所代表的输出格式。 0 =pairwise, 1 =query-anchored showing identities, 2 =query-anchored no identities, 3 =flat query-anchored, show identities, ...
blast+对应的参数是-outfmt 6 二、BLAT https://blog.csdn.net/alnx37271/article/details/101358955?utm_medium=distribute.pc_aggpage_search_result.none-task-blog-2aggregatepagefirst_rank_ecpm_v1~rank_v31_ecpm-2-101358955.pc_agg_new_rank&utm_term=blastall+%E4%BD%BF%E7%94%A8&spm=1000.2123.30...
Python igblastn outfmt实现流程 1. 简介 在开始教你如何实现"python igblastn outfmt"之前,我们先来了解一下这个任务的背景和目标。IgBLAST是一种用于对免疫球蛋白(Ig)和T细胞受体(TCR)进行序列比对的工具,它可以帮助我们分析和理解免疫系统的功能。而"outfmt"是IgBLAST的一个参数,用于控制程序的输出格式。因此,实...
blastx -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 2 参数说明: -query: 输入文件路径及文件名 -out:输出文件路径及文件名 -db:格式化了的数据库路径及数据库名 -outfmt:输出文件格式,总共有12种格式,6是tabular格式,对应BLAST的m8格式 ...
blastn-query input.fa-db./index-evalue1e-6-outfmt6-num_threads6-out out_file 参数解读: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 -query:进行检索的序列。-db:使用的数据库。-evalue:设置输出结果中的e-value阈值。e-value低于1e-5就可认为序列具有较高的同源性。-outfmt:输出文件的格式,...
-outfmt:输出文件的格式,一般设置为6。 -num_threads:线程数。 -out:输出文件。 运行结束后,得到比对结果。 输出文件一共有12列: 第1列:输入序列的名称。 第2列:比对到的目标序列名称。 第3列:序列相似度。 第4列:比对的有效长度。 第5列:错配数。