第1 种:outfmt 0 软件默认的输出格式,与网页版展示的比对结果类似。包括比对统计结果、比对序列等信息,示例如下: 第2 种:outfmt 1 这种格式只保留了序列比对信息,给出输入序列,库中一致的用.表示,不一致的会显示不一致的碱基,可读性更强。 第3 种:outfmt 2 与第二种一致,只是序列展示有区别,所有比对的序列...
第1种：outfmt 0 这是软件默认输出格式，类似于网页展示的比对结果，包含比对统计和序列信息，示例内容如下。第2种：outfmt 1 只保留序列比对信息，用.表示库中一致的碱基，不一致显示具体碱基，易于阅读。第3种：outfmt 2 与第2种类似，但所有比对序列均保留碱基序列格式。第4-5种：outfmt 3/4 与...
blastp：专为蛋白序列设计，直接将你的蛋白序列与庞大的蛋白库进行比对，从而快速找出同源序列。blastx：适用于核酸序列，先将其翻译成蛋白序列，然后再与蛋白库进行比对，以揭示潜在的同源关系。blastn：专门用于核酸序列的比对，直接在核酸库中搜索与目标序列同源的片段。tblastn：将核酸库翻译成蛋白库后，再与目标蛋...
安装路径\bin\blastn(或前面介绍的其他比对工具) -query 比对序列文件名.fasta -db database -out 比对结果文件名 -evalue le-5 -outfmt 0(或其他比对结果参数) 分别对应:工具 -query 比对序列文件(fasta格式) -db 数据库名 -out 比对结果文件名 -evalue 期望值(默认为10,一般设置le-5) -outfmt 比对结果...
-outfmt:输出文件格式,总共有15种,一般设置为6。6是tabular格式对应BLAST的m8格式,其输出结果示例为: 以下是各个数字所代表的输出格式。 0 =pairwise, 1 =query-anchored showing identities, 2 =query-anchored no identities, 3 =flat query-anchored, show identities, ...
-outfmt <format>:指定输出结果的格式。常用的格式参数包括: 0:Pairwise(默认格式) 5:XML格式 6:Tabular格式 7:Tabular格式(注释) 更多格式参数可以通过blastn --help查看。 除了上述常见的参数外,还有一些其他参数可以进一步调整BLAST比对的行为: -num_threads <num>:设置使用的线程数(并行处理)。默认值为1。
blast+对应的参数是-outfmt 6 二、BLAT https://blog.csdn.net/alnx37271/article/details/101358955?utm_medium=distribute.pc_aggpage_search_result.none-task-blog-2aggregatepagefirst_rank_ecpm_v1~rank_v31_ecpm-2-101358955.pc_agg_new_rank&utm_term=blastall+%E4%BD%BF%E7%94%A8&spm=1000.2123.30...
blastn -query query.fasta -subject subject.fasta -evalue 1e-5 -word_size 11 -gapopen 5 -gapextend 2 -outfmt 0 -out result.txt -num_threads 4 4.2 比对蛋白质序列 对于一个蛋白质序列和一个核酸序列的比对任务,可以使用以下命令: blastx -query protein.fasta -subject nucleotide.fasta -evalue ...
blastx -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 2 参数说明: -query: 输入文件路径及文件名 -out:输出文件路径及文件名 -db:格式化了的数据库路径及数据库名 -outfmt:输出文件格式,总共有12种格式,6是tabular格式,对应BLAST的m8格式 ...
blastp -query seq.fasta -db dbname -out seq.blast -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_alignments 10 -num_descriptions 10 -num_threads 2blastx -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 2参数说明: ...