第1 种:outfmt 0 软件默认的输出格式,与网页版展示的比对结果类似。包括比对统计结果、比对序列等信息,示例如下: 第2 种:outfmt 1 这种格式只保留了序列比对信息,给出输入序列,库中一致的用.表示,不一致的会显示不一致的碱基,可读性更强。 第3 种:outfmt 2 与第二种一致,只是序列展示有区别,所有比对的序列...
第1种：outfmt 0 这是软件默认输出格式，类似于网页展示的比对结果，包含比对统计和序列信息，示例内容如下。第2种：outfmt 1 只保留序列比对信息，用.表示库中一致的碱基，不一致显示具体碱基，易于阅读。第3种：outfmt 2 与第2种类似，但所有比对序列均保留碱基序列格式。第4-5种：outfmt 3/4 与...
此外,在BLAST的标准输出(outfmt=6/7)中,是没有query coverage的相关信息的。但由于是local alignment,query coverage的信息对于判断比对的可信度又非常重要,因此我们常常要通过设定outfmt参数的方式来增加输出query coverage的信息。 设定的方式也非常简单,只需要在outfmt 6 或 7 后指定相应的域就可以了。如: -outfmt...
-evalue:设置输出结果的e-value值,一般设为1e-5 -max_target_seqs:最多允许比对到数据库中的序列数目,参数仅适用于outfmt >4。 -perc_identity :比对的最低相似度 -num_threads:线程数,线程越多,运行速度越快,但占用的CPU也越多,不能高于电脑的线程数。 -outfmt:输出文件格式,总共有15种,一般设置为6。6...
-outfmt <format>:指定输出结果的格式。常用的格式参数包括: 0:Pairwise(默认格式) 5:XML格式 6:Tabular格式 7:Tabular格式(注释) 更多格式参数可以通过blastn --help查看。 除了上述常见的参数外,还有一些其他参数可以进一步调整BLAST比对的行为: -num_threads <num>:设置使用的线程数(并行处理)。默认值为1。
应大于0-outfmt:输出文件格式,总共有19种格式,默认为0为pairwise,6是tabular格式对应BLAST的m8格式,如下所示:0=Pairwise,1=Query-anchored showing identities,2=Query-anchored no identities,3=Flat query-anchored showing identities,4=Flat query-anchored no identities,5=BLASTXML,6=Tabular,7=Tabularwith...
1. Blast (1)格式化数据库 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile主要参数: -i 输入需要格式化的源数据库名称 -p 文件类型,是核苷酸序列数据库(F - nucleotide)/蛋白质序列数据库(T – protein),default = T -a 输入数据库的格式是否为ASN.1/FASTA [T/F],default = F ...
blast+对应的参数是-outfmt 6 二、BLAT https://blog.csdn.net/alnx37271/article/details/101358955?utm_medium=distribute.pc_aggpage_search_result.none-task-blog-2aggregatepagefirst_rank_ecpm_v1~rank_v31_ecpm-2-101358955.pc_agg_new_rank&utm_term=blastall+%E4%BD%BF%E7%94%A8&spm=1000.2123.30...
blastx -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 2 参数说明: -query: 输入文件路径及文件名 -out:输出文件路径及文件名 -db:格式化了的数据库路径及数据库名 -outfmt:输出文件格式,总共有12种格式,6是tabular格式,对应BLAST的m8格式 ...
blastn-query input.fa-db./index-evalue1e-6-outfmt6-num_threads6-out out_file 参数解读: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 -query:进行检索的序列。-db:使用的数据库。-evalue:设置输出结果中的e-value阈值。e-value低于1e-5就可认为序列具有较高的同源性。-outfmt:输出文件的格式,...