于是一般会用 Table (--outfmt 6 或 7 ) Blast Tab 格式 Blast Tab 格式,这个名字,是我自己给的。因为这个格式其实就是纯粹的 制表符分隔 的 表格。一般情况下,blast+ 设置输出格式为 -outfmt 6 或者 7 (后者包含表头)即可。大体格式可以看看下方, 直接在 Excel 中查看即可。可以看出,一列一列摆放,以 H...
我们作比对时经常用到blast,其比对结果一般都用m8格式(即参数是 -m 8,blast+是 -outfmt 6),但是结果文件中是没有表头的,这里来写一下。 我们作比对时经常用到blast,其比对结果一般都用m8格式(即参数是 -m 8,blast+是-outfmt 6),但是结果文件中是没有表头的,这里来写一下。 GRMZM2G356204_P01 Zm00008a...
diamond blastx --db nr -q reads.fna -o dna_matches_fmt6.txt diamond blastp --db nr -q reads.faa -o protein_matches_fmt6.txt 参数简单介绍: -q: 输入的待检索序列 -o:指定输出文件,默认以 --outfmt 6 格式进行输出 --db: 后面跟着我们建立好的diamond 蛋白数据库 参考链接 https://www....
bit score:比对结果的bit score值。 第8 种:outfmt 7 这种格式基本与第7种一致,只不过每条序列加了说明信息,便于查看结果,相当于加了一个表头。 第9-10 种:outfmt 8/9 两种格式的编码方式是ASN.1,格式与xml格式类似,都是采用嵌套的方式进行展示。 第11 种:outfmt 10 这种格式的数据与第七、八种基本一致,...
第6种：outfmt 5 以XML格式输出，方便多种编程语言解析，每条输入序列及比对结果以嵌套方式整理。第7种：outfmt 6 输出大量统计信息，如比对位置、得分、evalue等，可读性高，通常选择此格式。第8种：outfmt 7 类似第7种，每条序列附加说明信息，便于查看结果，如同加了表头。第9-10种：outfmt 8/9 ...
blastn-db nt-query assembly.fasta-out blast.out-outfmt6-evalue1e-5-num_threads12 二、基因功能注释 这种原理上与物种鉴定类似,也是通过比对,根据已知的信息来推测未知的信息。对于未知的基因,与基因功能数据库进行比对。过滤之后,比对到最近源基因所具有的功能,也就是未知基因具有的功能。这里我们看到,已知功能...
-outfmt 输出格式,一般选6即可,有0-18可选 -evalue E值阈值,高于这个E值的序列不输出到结果中,默认值为10,建议设到10-5以下 除此之外,还可以加入num_thread等参数,表示同时使用多少个线程来计算。其他更多参数可以使用 -help来查看: blastp.exe -help ...
-outfmt: blast结果的呈现形式,一般用6比较多,也就是m8格式,以制表符为分隔符,有部分信息会缺失。5是XML格式比较适合解析,7在6基础上加了表头。 -evalue: 限定E值 -num_threads: 指定多少个核运行blast程序 还有其他参数比如就不一一介绍了,说明一下,一个序列的blast可以用上面的命令,多个序列的blast同样适用,...
Usage: /home/chenlianfu/chenlianfu_scripts/parsing_blast_result.pl [options] blast.out > blast.tab 对BLAST的xml或tab格式的结果进行解析和过滤,得到更准确的BLAST结果。结果为表格形式(BLAST outfmt6),结果按query序列的ID排序,每个query序列的比对结果按
name,'-evalue','0.0001','-outfmt','6'] process = subprocess.Popen(cmd,stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE, universal_newlines=True) stdout,stderr = process.communicate() # for record in NCBIXML.parse(io.StringIO(stdout)): # st.write(record.query) df = pd.read_csv(io....