第11 种:outfmt 10 这种格式的数据与第七、八种基本一致,只不过分隔符由tab键换成了逗号。 第12 种:outfmt 11 这种格式也是一种ASN.1格式的文件,只不过是用blast编码对数据进行了处理,序列信息使用一种叫NCBI2na的方法进行重新编码,具体可参照https://ncbi.github.io/cxx-toolkit/pages/ch_datamod。 其他格式...
blast+对应的参数是-outfmt 6 二、BLAT https://blog.csdn.net/alnx37271/article/details/101358955?utm_medium=distribute.pc_aggpage_search_result.none-task-blog-2aggregatepagefirst_rank_ecpm_v1~rank_v31_ecpm-2-101358955.pc_agg_new_rank&utm_term=blastall+%E4%BD%BF%E7%94%A8&spm=1000.2123.30...
此外,在BLAST的标准输出(outfmt=6/7)中,是没有query coverage的相关信息的。但由于是local alignment,query coverage的信息对于判断比对的可信度又非常重要,因此我们常常要通过设定outfmt参数的方式来增加输出query coverage的信息。 设定的方式也非常简单,只需要在outfmt 6 或 7 后指定相应的域就可以了。如: -outfmt...
第2种：outfmt 1 只保留序列比对信息，用.表示库中一致的碱基，不一致显示具体碱基，易于阅读。第3种：outfmt 2 与第2种类似，但所有比对序列均保留碱基序列格式。第4-5种：outfmt 3/4 与第2-3种格式相同，输出内容一致。第6种：outfmt 5 以XML格式输出，方便多种编程语言解析，每条输入序列及比...
您可以根据需要添加具体的格式选项，如 -outfmt 6 表示使用标准格式输出。请注意，这只是一个示例命令，实际使用时可能需要根据您的具体需求进行调整。确保您已正确安装和配置了BLAST程序，并且查询序列和数据库路径都是正确的。【 重要参数介绍 】在BLAST比对中，-evalue参数是一个重要的参数，用于指定期望值（Expected...
因此，我通常建议大家使用一个额外的参数-outfmt=6，这样可以将结果以表格形式输出。例如，你可以使用以下命令：blastn -db seq1 -query seq2.fasta -out blastresult.txt -outfmt=6 执行后，我们再次打开blastresult.txt文件，会发现结果以表格形式清晰呈现。表格中，第一列和第二列分别显示Target和Query的序列号...
在这个示例中,blastn是BLAST程序的名称,input.fasta是输入文件,database是BLAST数据库,output.txt是输出结果文件,-evalue参数指定过滤结果的期望值阈值,-outfmt指定输出格式为表格格式(6) 构建数据库: makeblastdb -dbtype nucl -in ${name}.fa -out ${name} ...
BLAST命令中，参数如-db、-query、-out等控制数据库、输入查询、输出位置等，提供了18种类型的输出选项，可通过outfmt参数进行控制，根据实际需求选择合适的输出格式，从而能够更精确地进行序列比对。其他常用的参数包括：-strand（选择搜索正义链还是反义链）、-remote（使用NCBI的远程数据库进行搜索）、-evalue（以科学...
完成数据库建立后，就可以进行BLAST比对了。blastn是其中的一种比对方式，适用于核酸序列的比对。在执行blastn比对时，需要指定查询文件、输出文件、数据库名、输出格式、e-value值和线程数等参数。例如：```bash blastn -query query.fasta -out query.fasta.bls -db databasename -outfmt 6 -evalue 1e-10 ...