只保留序列比对信息，用.表示库中一致的碱基，不一致显示具体碱基，易于阅读。第3种：outfmt 2 与第2种类似，但所有比对序列均保留碱基序列格式。第4-5种：outfmt 3/4 与第2-3种格式相同，输出内容一致。第6种：outfmt 5 以XML格式输出，方便多种编程语言解析，每条输入序列及比对结果以嵌套方式整理...
blastn -query input.fasta -db database -out output.txt -outfmt " 7 qaccver saccver pident length mismatch qlen qstart qend sstart send qseq evalue bitscore" -num_threads 10 -word_size#也可以尝试7的格式。 在这个示例中,blastn是BLAST程序的名称,input.fasta是输入文件,database是BLAST数据库...
blast+对应的参数是-outfmt 6 二、BLAT https://blog.csdn.net/alnx37271/article/details/101358955?utm_medium=distribute.pc_aggpage_search_result.none-task-blog-2aggregatepagefirst_rank_ecpm_v1~rank_v31_ecpm-2-101358955.pc_agg_new_rank&utm_term=blastall+%E4%BD%BF%E7%94%A8&spm=1000.2123.30...
-max_target_seqs:最多允许比对到数据库中的序列数目,参数仅适用于outfmt >4。 -perc_identity :比对的最低相似度 -num_threads:线程数,线程越多,运行速度越快,但占用的CPU也越多,不能高于电脑的线程数。 -outfmt:输出文件格式,总共有15种,一般设置为6。6是tabular格式对应BLAST的m8格式,其输出结果示例为: ...
-outfmt:输出文件的格式,一般设置为6。 -num_threads:线程数。 -out:输出文件。 运行结束后,得到比对结果。 输出文件一共有12列: 第1列:输入序列的名称。 第2列:比对到的目标序列名称。 第3列:序列相似度。 第4列:比对的有效长度。 第5列:错配数。
blastp-outfmt6blastp-outfmt'6 qacc sacc pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore' 还有一款常用的工具DIAMOND(Double Index Alignment of Next-generation sequencing Data),该工具为基于BLAST的快速序列检索比对工具,但目前仅支持blastp、blastx,也即使用蛋白质或核酸序列在蛋白质...
blastx -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 2 参数说明: -query: 输入文件路径及文件名 -out:输出文件路径及文件名 -db:格式化了的数据库路径及数据库名 -outfmt:输出文件格式,总共有12种格式,6是tabular格式,对应BLAST的m8格式 ...
$./blastn -outfmt 6 和 $./blastn -outfmt'6 qaccver saccver pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore' 是一样的,有了这个基础知识就可以显而易见地将ssciname加入到输出条目中去了。 实战 那么,根据先前讲到的基础知识很容易,就可以在blast时,输出物种名称,以下以Linu...
BLAST 比对结果通过outfmt参数指定输出格式,官方提供的输出格式是19种,值分别是0-18,以下是具体的介绍。 第1 种:outfmt 0 软件默认的输出格式,与网页版展示的比对结果类似。包括比对统计结果、比对序列等信息,示例如下: 第2 种:outfmt 1 这种格式只保留了序列比对信息,给出输入序列,库中一致的用.表示,不一致的...
-outfmt:输出文件格式,总共有15种格式,一般设置为6。6是tabular格式对应BLAST的m8格式; 0 = pairwise, 1 = query-anchored showing identities, 2 = query-anchored no identities, 3 = flat query-anchored, show identities, 4 = flat query-anchored, no identities, ...