bit score:比对结果的bit score值。 第8 种:outfmt 7 这种格式基本与第7种一致,只不过每条序列加了说明信息,便于查看结果,相当于加了一个表头。 第9-10 种:outfmt 8/9 两种格式的编码方式是ASN.1,格式与xml格式类似,都是采用嵌套的方式进行展示。 第11 种:outfmt 10 这种格式的数据与第七、八种基本一致,...
blastn -query query.fasta -out query.fasta.bls -db databasename -outfmt 6 -evalue 1e-10 -num_threads 8 ```在执行比对时，选择了不同的数据比对方式，如blastn、blastp等，以满足我们的需求。同时，通过-F选项，我们可以选择是否屏蔽简单重复和低复杂度序列，这有助于提高比对的精确度。通过分析E值...
第4-5种：outfmt 3/4 与第2-3种格式相同，输出内容一致。第6种：outfmt 5 以XML格式输出，方便多种编程语言解析，每条输入序列及比对结果以嵌套方式整理。第7种：outfmt 6 输出大量统计信息，如比对位置、得分、evalue等，可读性高，通常选择此格式。第8种：outfmt 7 类似第7种，每条序列附加说明...
其中最为常用分别为-outfmt 5(blast2go工具中用到)和outfmt6,outfmt6结果中从左到右每一列的意义分别如下: | Query(递交序列) | 数据库序列(目标序列) | identity(百分比) | 比对长度 | 错配数| 空位数 | 递交序列开始位置 | 递交序列结束位置 |目标序列开始位置 | 目标序列结束位置 | 期望值 | 比对最...
blastn -db seq1 -query seq2.fasta -out blastresult.txt -outfmt=6 执行后，我们再次打开blastresult.txt文件，会发现结果以表格形式清晰呈现。表格中，第一列和第二列分别显示Target和Query的序列号，第三列展示Identity（相似度），第四列则列出比对上的序列长度。而第5和6列、第7和8列以及第9和10列则...
blast 输出格式:有18个格式,其中常用的outfmt6 其中,格式6、格式7、格式10、格式17的输出条目是可以修改的。输出格式选择 6 (--outfmt 6) ,默认输出为:qseqid sseqid pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore 。
-outfmt:输出文件格式,总共有15种,一般设置为6。6是tabular格式对应BLAST的m8格式,其输出结果示例为: 以下是各个数字所代表的输出格式。 0 =pairwise, 1 =query-anchored showing identities, 2 =query-anchored no identities, 3 =flat query-anchored, show identities, ...
blastp-outfmt6blastp-outfmt'6 qacc sacc pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore' 还有一款常用的工具DIAMOND(Double Index Alignment of Next-generation sequencing Data),该工具为基于BLAST的快速序列检索比对工具,但目前仅支持blastp、blastx,也即使用蛋白质或核酸序列在蛋白质...
第7-8列:输入序列比对上的起始和终止位置。 第9-10列:比对到目标序列的起始和终止位置。 第11列:e-value。 第12列:比对得分。 如果想要知道序列每个碱基的比对情况,删去outfmt参数即可。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 blastn-query input.fa-db./index-evalue1e-6-num_threads6-out...
blastn(2.6.0+)的输出格式有19种,通过outfmt来指定: $ ./blastn -help -outfmt <String> alignment view options: 0 = Pairwise, 1 = Query-anchored showing identities, 2 = Query-anchored no identities, 3 = Flat query-anchored showing identities, ...