bioconda install 的基本使用方法 用户需要先打开命令行工具,然后输入以下命令: bioconda install package_name 其中,package_name 是用户要安装的 Python 包的名称。例如,要安装 numpy 和 pandas,用户可以分别输入以下命令: bioconda install numpy pandas 在安装成功后,用户可以通过以下方法来查看已安装的包及其版本信息...
conda install numpy=1.7.2 # 安装特定版本的软件包 conda remove <package name> # 移除软件包 1. 2. 3. 安装R # 具体见下面 conda install -c r r-essentials # 安装R,及80多个常用的数据分析包, 包括idplyr, shiny, ggplot2, tidyr, caret 和 nnet # 安装单个包 # conda install -c https://...
# conda install-n phylo-c etetoolkit ete3 ete3_external_apps # bioconda通道里面也有ete3,下面的安装未指定具体通道,将在前面设定的几个通道里面按先后顺序查找安装 conda install-n phylo ete3 ete3_external_apps # 默认安装到了anaconda_path下面的envs/phylo目录下(在屏幕输出也会有显示) # 这个目录下...
conda install numpy=1.7.2 # 安装特定版本的软件包conda remove<package name> # 移除软件包 安装R # 具体见下面 conda install -c r r-essentials # 安装R,及80多个常用的数据分析包, 包括idplyr, shiny,ggplot2, tidyr, caret 和 nnet # 安装单个包 # conda install -c https://conda.binstar.org/...
鼠标点击安装,首先选择Tools,然后选择install packages,如下: 点开之后,如下: 这个时候你只需要在你的箭头所指的地方输入R包的名字即可。 2 代码安装即所谓的命令行安装。 这里需要简单的区分一下CRAN和Bioconda上的工具包,如果是CRAN,则是使用install.packages,如果是Bioconda则是可以通过BioMange::install来实现安装。
利用Bioconda安装生物信息软件,conda installfastqc(软件名); 安装完成后,可以用“which 软件名”来查看该软件安装的位置; conda默认安装软件的最新版本,如果想安装指定版本的某个软件,可以先用“conda search 软件名”搜索软件版本; 星号标记的表示是已经安装的版本。要安装其他版本,输入:conda install 软件名=版本号...
conda install -n phylo ete3 ete3_external_apps # 默认安装到了anaconda_path下面的envs/phylo目录下(在屏幕输出也会有显示) # 这个目录下存在bin文件夹,一般使用全路径就可以调用,如下 # anaconda_path/envs/phylo/bin/ete3 -h # 但有时会因为依赖关系而失败 ...
conda install bowtie2 显示如下信息: Solving environment: done ## Package Plan ## environment location: /mnt/bai/yongxin/miniconda2 added / updated specs: - bowtie2 The following packages will be downloaded: package | build ---|--- bowtie2-2.3.4.2 | py27h2d50403_0 13.6 MB https://mir...
conda通道的配置文件一般在~/.condarc里面,内容如下。全局控制conda的安装在conda_path/.condarc,具体操作见https:///docs/user-guide/configuration/admin-multi-user-install.html。 channels: - https://mirrors.tuna./anaconda/cloud/bioconda/conda - https://mirrors.tuna./anaconda/pkgs/free/ # Anocanda清华...
要通过conda安装软件,首先从这里(Available packages)查找该软件是否被conda支持。如果支持,只需输入以下命令即可安装: conda install fastqc(软件名) 安装完成后,可以用“which 软件名”来查看该软件安装的位置: 或者再次查看已安装软件列表“conda list”