# 此处以软件bwa为例 # 安装bwa,默认安装最新版本 conda install bwa # 查找bwa的所有版本 conda search bwa # 安装特定版本的bwa conda install bwa=0.7.12 # 查看conda中已经安装过的软件 conda list # 升级软件 conda update bwa # 卸载软件 conda remove bwa 或者 conda unistall bwa...
conda install bwa 如此,bwa的安装就完成了,可以直接在所有客户的默认环境中使用, 在当前环境下直接使用conda进行软件的安装,事实上就与yum apt-get dnf类似,安装软件,同时将软件配置到当前环境变量,对于anoconda而言,可能是 PATH/anaconda3/bin/bwa, 其中,在安装anoconda的时候,PATH/anoconda/bin已经被添到环境变...
conda install -y bwa 【安装最新版本,其他版本需指定版本号;-y 代表后面选项均选 yes】 conda install bwa samtools=1.9 bcftools fastqc fastp -y 【安装多个软件】 conda list 【查看当前环境所安装的软件】 conda update bwa 【更新】 conda remove bwa 【卸载】 创建虚拟环境 conda create -n py2.7 python...
conda create -n aligners bwa bowtie hisat star # 如果还想继续安装 conda install -n aligners hisat2 # 启动新环境 source activate aligners star -h source deactivate aligners 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 移除环境 如果环境不需要了,或出了错,则可以移除。比如需要移除ph...
bwa 0.5.9 ha92aebf_2 bioconda #安装软件 ,加-y 后面不和你墨迹 $ conda install -y bwa samtools=1.9 bcftools=1.9 更多conda命令 info 显示某个软件信息 help 给出帮助信息 list 查看所有安装的软件 search 查找安装的软件 create 创建一个新的conda环境 ...
# 此处以软件bwa为例# 安装bwa,默认安装最新版本conda install bwa# 查找bwa的所有版本conda search bwa# 安装特定版本的bwaconda install bwa=0.7.12# 查看conda中已经安装过的软件conda list# 升级软件conda update bwa# 卸载软件condaremovebwa 或者
conda install bwa samtools=1.9 bcftools fastp -y # 也可多个软件一起安装 image.png 小tips 安装时找不到这个包咋整? 首先确认conda是否可以安装所需软件 确认是不是粗心大意打错名称 确认所需软件在conda中的名称 sratoolkit —— sra-tools conda list # 查看当前环境所安装的软件 ...
- bwa=0.7.15=1 - hisat2=2.1.0=py27pl5.22.0_0 - htslib=1.3=1 # Workflow - nextflow # Fastq Download And Quality Control Methods - sra-tools - fastx_toolkit - fastqc - trimmomatic - multiqc 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8.
conda install -c https://conda./bokeh ggplot # 最后退出新环境 source deactivate r 创建比对工具环境 (bioconda中的例子,https://bioconda./index.html#set-up-channels) # 环境名字为 aligners # 环境中安装 bwa bowtie hisat star conda create -n aligners bwa bowtie hisat star ...
conda install-c https://conda.binstar.org/bokeh ggplot # 最后退出新环境 source deactivate r 创建比对工具环境 (bioconda中的例子,https://bioconda.github.io/index.html#set-up-channels) 代码语言:javascript 复制 # 环境名字为 aligners # 环境中安装 bwa bowtie hisat star ...