conda install r-base=4.2.2 #安装R 指定为R版本为4.2.2 R#进入R环境 #准备做peak 注释,需要安装以下软件 #起始先安装的ChIPseeker,看到有报错提到GenomicFeatures,所以,接下来就按照这个顺序安装了。 #安装BiocManager install.packages("BiocManager") BiocManager::install("GenomicFeatures") #遇见报错: configuratio...
installation of package 'HDF5Array' had non-zero exit status #2经查询,这是一个很泛的提示,没有什么作用 我是如何安装的:我先用conda创建了一个环境,再在这个环境中用conda安装了R,并进入R中用BiocManager::install来安装这个R包。 我根据部分报错信息(#1,#2)检索出了一些帖子,有说在下载安装R的时候还需...
conda 安装R环境，主要命令如下：2.激活创建的环境,后面安装的包和软件都会在此环境中进行 3.安装所需要的包 4.关闭此环境 安装完R环境后，export 相应的path，如下 安装相关的包，例如ballgown：if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::ins...
sudo rstudio-server status #查看RStudio-server sudo rstudio-server stop #关闭RStudio-server sudo rstudio-server restart #重启RStudio-server 重启之后,打开Rstudio-server,发现R版本已经变为R4.1.0了,搞定! 7. 在conda环境中安装R包 「R4.1.0」 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)...
conda安装 pytorch lightning Conda安装R包,monocle对轨迹分支进行基因差异分析时占用内存非常大,且计算时间超长,仅对8000细胞进行分析就耗费4-5h,需要在服务器进行monocle轨迹。服务器是基于Linux系统的,对于非root用户或系统版本较低来说安装R是非常麻烦的,因此可以
conda install r-base=4.0.3 4.关闭此环境 source deactivate 安装完R环境后,export 相应的path,如下 cd /Anaconda3/envs/r4/bin export PATH="$PATH:/Anaconda3/envs/r4/bin" 安装相关的包,例如ballgown: if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) ...
1.在状态栏里输入R并回车 2.在R的交互框里输入install.packages("BiocManager") 3.输入BiocManager::install("org.Hs.eg.db") Q: 如何验证R语言的包安装情况? #激活R conda activate R4 # 输入R进入R语言的交互 R 在R语言里验证安装包: library(getopt) ...
BiocManager::install("enrichplot") 原本以为能安装成功,结果发现报错,类似这样: 显示上面的包都安装失败,那我就分开安装,然后都安装成功了,最后这两个包也安装成功了。 胜利的喜悦: 8. Rstudio画图报错:version ZLIB_1.2.9 not found 其实,在R终端下,载入上面的软件包没问题,但是在Rstudio中载入就出错: ...
可以理解为R包的官网,凡是需要通过CRAN下载的R包,都可以通过install.packages("pkg_name")来安装。 2). Bioconductor 里面多是跟生信相关的R包,通过BiocManager::install("pkg_name")来安装。 Github 部分作者在写好R包以后还没来得及上传到CRAN上,便可通过其Github进行安装,通过devtools::install_github("用户名...
install_package <- c("RColorBrewer", "gplots", "agricolae","optparse") # 判断包是否存在,不存在则安装 for (i in install_package) { if (!i %in% a) BiocManager::install(i, update = F) } 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. ...