https://github.com/mamba-org/mamba 软件安装 conda/mamba install fastqc conda/mamba install -y fastqc conda/mamba install -y fastqc=0.11.9 conda/mamba install -c bioconda -c conda-forge -y fastqc=0.11.9 也可以在创建环境时安装软件 conda create -n env_name fastqc=0.11.9 -y conda也可以本...
采用mamba加速软件依赖解析 [mamba采用c++重写了部分解析过程,这个提速效果是很明显的] (安装好mamba后就可以用mamba替换conda进行安装了) conda install mamba -c conda-forge mamba install python=3.7.4 1. 2. ,默认conda解析软件依赖时优先考虑允许的最高版本,设置通道优先级权限高于软件版本新旧后,conda会能更...
采用mamba加速软件依赖解析 [mamba采用c++重写了部分解析过程,这个提速效果是很明显的] (安装好mamba后就可以用mamba替换conda进行安装了) conda install mamba -c conda-forge mamba install python=3.7.4 ,默认conda解析软件依赖时优先考虑允许的最高版本,设置通道优先级权限高于软件版本新旧后,conda会能更快的解决依...
安装R包时指定R的版本也会极大减小搜索空间 (R包因其数目众多,也是生物类软件依赖解析较慢的原因之一)conda install r-base=4.0.2 r-ggplot2=3.3.2 采用mamba加速软件依赖解析 [mamba采用c++重写了部分解析过程,这个提速效果是很明显的] (安装好mamba后就可以用mamba替换conda进行安装了) conda install mamba -c...
但后来发现,其还有更多的功能,尤其是其增加了bionconda(https://bioconda.github.io/index.html)通道后,生物信息分析的7925多个软件都可以一键安装了 (具体列表在:https://anaconda.org/bioconda/repo),免去了编译时间浪费和解决库文件安装的问题。另外其最有吸引力的是它的虚拟软件环境概念,可以简单的配置不同...
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ 添加完镜像之后可以查看一下,然后把defaults删掉,如果有defaults存在的话每次安装软件的时候会去默认的镜像源里面找一遍,会增加不必要的时间成本。 conda config --set show_channel_urls yes #显示已经安装的频道 ...
conda/mamba install r-cowplot,此为linux命令,非R命令,使用对应R环境下的conda或mamba安装,适用于依赖较多通过以上几种方法安装失败的时候(一般会优选这种方式,因为安装速度快,相关依赖包的解决好) conda install -c bioconda bioconductor-hitc,适用于依赖较多的时候,安装发布在bioconductor的R包,示例中的-c参数为 ...
### 在ngs环境下安装使用conda activate ngs### -y 确认安装### -c 选择额外通道bioconda$ conda install -y -c bioconda bedtools 安装指定版本 conda install -y -c bioconda bedtools=2.30.0 安装后,我们可以简单确认下是否正确的安装 $whichbedtools/home/user/anaconda3/envs/ngs/bin/bedtools ...
提高conda 安装软件的速度,需要在 base 环境中安装 mamba ,激活小环境后 conda activate rna,使用 mamba 代替 conda 进行搜索、安装软件等。 conda deactivate##不要在小换环境下安装mamba,mamba是唯一一个特殊的软件,不需要安装在小环境里,其它的要安装在小环境里。conda install -y mamba##记得加-y参数,mamba...
mamba install -c bioconda star-fusion=1.9.0 gitclone--recursive https://github.com/STAR-Fusion/STAR-Fusion.git 但是我尝试了很多方法,都没办法成功安装独立的star-fusion-1.9.0软件 ,还是蛮奇怪的。 但是我git下载了它源代码,发现其压缩包里面的STAR-Fusion命令本来就是可以直接使用的,无需conda来管理了。