https://github.com/mamba-org/mamba 软件安装 conda/mamba install fastqc conda/mamba install -y fastqc conda/mamba install -y fastqc=0.11.9 conda/mamba install -c bioconda -c conda-forge -y fastqc=0.11.9 也可以在创建环境时安装软件 conda create -n env_name fastqc=0.11.9 -y conda也可以本...
采用mamba加速软件依赖解析 [mamba采用c++重写了部分解析过程,这个提速效果是很明显的] (安装好mamba后就可以用mamba替换conda进行安装了) conda install mamba -c conda-forge mamba install python=3.7.4 ,默认conda解析软件依赖时优先考虑允许的最高版本,设置通道优先级权限高于软件版本新旧后,conda会能更快的解决依...
采用mamba加速软件依赖解析 [mamba采用c++重写了部分解析过程,这个提速效果是很明显的] (安装好mamba后就可以用mamba替换conda进行安装了) conda install mamba -c conda-forge mamba install python=3.7.4 1. 2. ,默认conda解析软件依赖时优先考虑允许的最高版本,设置通道优先级权限高于软件版本新旧后,conda会能更...
安装R包时指定R的版本也会极大减小搜索空间 (R包因其数目众多,也是生物类软件依赖解析较慢的原因之一)conda install r-base=4.0.2 r-ggplot2=3.3.2 采用mamba加速软件依赖解析 [mamba采用c++重写了部分解析过程,这个提速效果是很明显的] (安装好mamba后就可以用mamba替换conda进行安装了) conda install mamba -c...
直接用conda安装，下面一行解决，conda install mamba -n base -c conda-forge 如果没配置conda，可以...
conda install -h #查看install子命令的帮助 只是这些命令就可以省去不少安装的麻烦了,但是如果软件没搜索到呢? Conda的channel Conda默认的源访问速度有些慢,可以增加国内的源;另外还可以增加几个源,以便于安装更多的软件,尤其是bioconda安装生信类工具。conda-forge通道是Conda社区维护的包含很多不在默认通道里面的通...
mamba install -c bioconda gmap=2021.08 然后你就会发现 pasa版本倒回去了,而且等待安装完成,在/opt/pasa-2.4.1里面一个文件都没了,但当你再次调用pasa的时候,还是默认调用2.4.1,就又会报错,如果我们粗暴的把2.3.3的文件全部复制给pasa-2.4.1,那会出现第一次的报错 ...
conda search -c conda-forge mamba ## 6.1.3 开始安装 conda install -c conda-forge mamba=0.25.0 # 6.2 使用mamba,非常简单 就是将所有的conda 都换成 mamba 命令就可以了 mamba search -c bioconda samtools mamba install -c bioconda samtools ...
尤其是当我想去安装一个生物信息学的分析流程时(conda create -c conda-forge -c bioconda -n EDTA EDTA),conda的安装界面转了一个晚上都没能处理完。为了处理这一危机,mamba孕育而生。它始于2019年,由Wolf Vollprecht开发,拥有和conda完全一样的使用体验,你完全可以...
R包集成 C ++或者 python 的代码,需要编译,又会有各种环境问题以及依赖问题,因此使用 bioconda 管理 R 包。 安装R mamba install -c conda-forge -y r-base 搜索默认R which R R包分为: r-基础包 bioconductor-专业生物数据包 perl- python-