conda/mamba install -y fastqc conda/mamba install -y fastqc=0.11.9 conda/mamba install -c bioconda -c conda-forge -y fastqc=0.11.9 也可以在创建环境时安装软件 conda create -n env_name fastqc=0.11.9 -y conda也可以本地安装一些软件,但是我用不到,也没用过,不做介绍,有需要自行查阅教程。 软...
conda install -h #查看install子命令的帮助 只是这些命令就可以省去不少安装的麻烦了,但是如果软件没搜索到呢? Conda的channel Conda默认的源访问速度有些慢,可以增加国内的源;另外还可以增加几个源,以便于安装更多的软件,尤其是bioconda安装生信类工具。conda-forge通道是Conda社区维护的包含很多不在默认通道里面的通...
但后来发现,其还有更多的功能,尤其是其增加了bionconda(https://bioconda.github.io/index.html)通道后,生物信息分析的7925多个软件都可以一键安装了 (具体列表在:https://anaconda.org/bioconda/repo),免去了编译时间浪费和解决库文件安装的问题。另外其最有吸引力的是它的虚拟软件环境概念,可以简单的配置不同Python...
安装R包时指定R的版本也会极大减小搜索空间 (R包因其数目众多,也是生物类软件依赖解析较慢的原因之一)conda install r-base=4.0.2 r-ggplot2=3.3.2 采用mamba加速软件依赖解析 [mamba采用c++重写了部分解析过程,这个提速效果是很明显的] (安装好mamba后就可以用mamba替换conda进行安装了) conda install mamba -c...
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ 添加完镜像之后可以查看一下,然后把defaults删掉,如果有defaults存在的话每次安装软件的时候会去默认的镜像源里面找一遍,会增加不必要的时间成本。 conda config --set show_channel_urls yes #显示已经安装的频道 ...
直接用conda安装，下面一行解决，conda install mamba -n base -c conda-forge 如果没配置conda，可以...
但后来发现,其还有更多的功能,尤其是其增加了bionconda(https://bioconda.github.io/index.html)通道后,生物信息分析的7925多个软件都可以一键安装了 (具体列表在:https://anaconda.org/bioconda/repo),免去了编译时间浪费和解决库文件安装的问题。另外其最有吸引力的是它的虚拟软件环境概念,可以简单的配置不同...
### 在ngs环境下安装使用conda activate ngs### -y 确认安装### -c 选择额外通道bioconda$ conda install -y -c bioconda bedtools 安装指定版本 conda install -y -c bioconda bedtools=2.30.0 安装后,我们可以简单确认下是否正确的安装 $whichbedtools/home/user/anaconda3/envs/ngs/bin/bedtools ...
尤其是当我想去安装一个生物信息学的分析流程时(conda create -c conda-forge -c bioconda -n EDTA EDTA),conda的安装界面转了一个晚上都没能处理完。为了处理这一危机,mamba孕育而生。它始于2019年,由Wolf Vollprecht开发,拥有和conda完全一样的使用体验,你完全可以...
conda/mamba install r-cowplot,此为linux命令,非R命令,使用对应R环境下的conda或mamba安装,适用于依赖较多通过以上几种方法安装失败的时候(一般会优选这种方式,因为安装速度快,相关依赖包的解决好) conda install -c bioconda bioconductor-hitc,适用于依赖较多的时候,安装发布在bioconductor的R包,示例中的-c参数为 ...