R语言BiocManager包 install函数使用说明返回R语言BiocManager包函数列表 功能\作用概述: 函数的作用是:在Bioconductor版本中安装或更新Bioconductor和CRAN包。升级到新的Bioconductor版本可能需要其他步骤;请参阅https://bioconductor.org/install。 语法\用法: install(pkgs = character(), ..., site_repository = ...
R语言包的安装方法有很多,对于生信分析而言目前笔者亲测两种方法最有效。 以下以'impute'包为例进行演示,其他包方法类似(特殊的包除外) 一、常规方法 首先尝试 install.packages('impute') 结果是安装结束后运行这个包依然显示:该包不存在 二、生信安装方法! #install.packages('BiocManager') ##如果预先没有装过...
)就轻轻松松解决啦，不过这次居然是仅仅是解决了R自带R包下载问题，使用BiocManager仍然是无法安装R包，...
+install.packages("BiocManager")> BiocManager::install("Biostrings", version = "3.10")...
在R官方镜像网站下载对应工具包到本地直接安装 (如常报错的ggplot2和rlang包4.10等可有效解决) https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/ 在左侧栏选择packages选项 选中需要安装的包 点击 Package source链接下载tar.gz文件 在Rgui界面本地安装即可 部分生信包可在BiocManager中安装... ...
为了让自己能够更好解决R包安装问题,需要深入学习install.packages的原理(BiocManager::install本质上也是调用install.packages)。 先仔细阅读install.packages()的参数: pkgs: 默认是包名,比如说"Matrix", 会自动从CRAN上检索对应的包,然后进行下载。如果你希望指定安装本地包,或者一个具体的网络地址,参考代码如下: ...
https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages>BiocManager::install('FlowSOM')'getOption("repos")'replaces Bioconductor standard repositories,see'?repositories'fordetails replacement repositories:CRAN:https://cloud.r-project.org ...
>BiocManager::install(version="3.12") happily run on R 4.0.2. Is this a bug? Is it theDESCRIPTIONfileBiocVersionthat should be updated? diff --git a/DESCRIPTION b/DESCRIPTIONindex 9a7fd38..813c0bf 100644--- a/DESCRIPTION+++ b/DESCRIPTION@@ -12,7 +12,7 @@Authors@R: c( email = ...
Following instructions on https://bioconductor.org/install/ : install.packages("BiocManager", dependencies = TRUE, type = "source") also tried: install.packages("BiocManager", dependencies = TRUE, type = "source") and: devtools::install_...
$mamba create-nWGCNAr-essentialsr-tidyverser-ggplot2$mamba activate WGCNA# 进入 R$R> install.packages("BiocManager") > BiocManager::install("WGCNA")# 如果缺少R包,用BiocManager安装一般都能解决,动态库什么的用mamba安装一般也能解决 更多生物信息学信息,请关注微信公众号:Everything In Life ...