conda install是conda包管理器的一个核心命令,用于安装、更新、删除软件包及其依赖项。它允许用户轻松管理Python和其他编程语言的软件包,确保软件环境的一致性和稳定性。 说明-c bioconda参数的含义及作用: -c bioconda参数中的-c代表--channel,用于指定从哪个conda频道安装包。bioconda是一个专为生物信息学设计的cond...
conda activate rmats conda search rmats -c bioconda conda install -c bioconda rmats=4.1.1 conda clean --al conda install -c bioconda rmats=4.1.1 需要仔细查看安装rmats这一个软件,我们的conda需要做的工作 : The following NEW packages will be INSTALLED: _libgcc_mutex anaconda/cloud/conda-forge/li...
conda install -c bioconda bwa # -c 即指定channels conda install -c bioconda samtools conda install -c bioconda bowtie2 conda install -c bioconda picard conda install -c bioconda gatk4
$ conda install-c bioconda bwa 如果你已经将bioconda这个channel加到自己的默认channel列表中,则不指定-c参数也可以 但是如果你要的软件不在bioconda中怎么办? 这时你可以通过执行anaconda search -t <software>来列出保存目标软件的所有官方镜像 比如,如果你要安装CNVnator(这是一个安装过程神级坑的软件),它就不在...
利用conda下载软件:conda install -c bioconda 软件名 (虽然下的是miniconda3,但是命令里用的还是conda哦) 也可以通过如下方式获得安装命令(图片上传失败了嘤嘤嘤):在https://anaconda.org/ 里搜索你要下载的软件名——点击你要下载的那一个软件(搜索后会出来不同版本、名字相近的软件)——点击进入后,下拉页面,会...
conda install -c bioconda bioconductor-deseq2 conda install --channel https://conda.anaconda.org/BioBuilds r-ggplot2 删除已安装的软件或者包: conda remove -n 环境名 软件名 更新某个软件: conda update 软件名 https://www.cnblogs.com/zhangxingcomeon/p/13801554.html...
conda install-c bioconda rmats=4.1.1conda clean--al conda install-c bioconda rmats=4.1.1 需要仔细查看安装rmats这一个软件,我们的conda需要做的工作 : 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Cloud Studio代码运行 The followingNEWpackages will beINSTALLED:_libgcc_mutex anaconda/cloud/conda-forge/linux...
$ conda install pkgs-name=version #安装一个包的制定版本 $ conda install -c bioconda-pkgs-name #安装一些较新的bioconda包 $ conda update pkgs-name #更新一个包 $ conda remove pkgs-name #删除一个包 (3) 创建环境与消除环境: $ conda create --name your_env_name #创建一个环境并且指定名字 ...
注意，这里的三个通道是用于基于Bioconda的安装的the recommended channel priority。
conda install bioconda::fastp #安装fastp,"yes"后完成安装, which fastp #~/miniconda3/bin/fastp 可以正常使用了 创建独立环境 特殊情况下,想给特定的流程一个独立环境,需要创建一个与其它环境隔离的虚拟环境,操作如下: conda create -n new_env fastp #创建新环境,-n 新环境名字,后面也可以直接写一些软件的...