实际上,您并没有直接“安装 Bioconda”,而是使用 Conda 从 Bioconda 频道安装您需要的生物信息学软件包。例如,要安装一个名为 bwa 的软件包,您可以使用以下命令: bash conda install -c bioconda bwa 这个命令会从 Bioconda 频道搜索 bwa 包并安装它。如果 bwa 包存在于其他频道(如默认的 main 频道),-c bio...
conda install bioconda::sra-toolsCollecting package metadata (current_repodata.json): failed CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/linux-64/current_repodata.json> Elapsed: - An HTTP error occurred when trying to retrieve this...
conda activate rmats conda search rmats -c bioconda conda install -c bioconda rmats=4.1.1 conda clean --al conda install -c bioconda rmats=4.1.1 需要仔细查看安装rmats这一个软件,我们的conda需要做的工作 : The following NEW packages will be INSTALLED: _libgcc_mutex anaconda/cloud/conda-forge/li...
$ conda install-c bioconda bwa 如果你已经将bioconda这个channel加到自己的默认channel列表中,则不指定-c参数也可以 但是如果你要的软件不在bioconda中怎么办? 这时你可以通过执行anaconda search -t <software>来列出保存目标软件的所有官方镜像 比如,如果你要安装CNVnator(这是一个安装过程神级坑的软件),它就不在...
使用conda/bioconda的过程其实也就是使用conda进行软件的安装和配置过程 主要的使用方法有两种: 直接配置到默认环境(适合root用户安装) 对于root,,有时候其他用户需要一些软件,安装起来还是比较麻烦的,此时直接使用conda安装,可能会非常方便,举例,安装bw conda install bwa ...
conda install -c bioconda blast ##安装过程如下: Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done ==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.8.4 latest version: 4.11.0 Please update conda by running ...
conda install -c bioconda sra-tools conda install -c "bioconda/label/cf201901" sra-tools 上面的两个方式都是可以使用conda安装,但是默认安装的说 sra-tools-2.8.0 : The following packages will be downloaded: package | build ---|--- ca-certificates-2023.08.22 | h06a4308_0 123 KB https:/...
conda install -c bioconda rmats=4.1.1 conda clean --al conda install -c bioconda rmats=4.1.1 需要仔细查看安装rmats这一个软件,我们的conda需要做的工作 : The following NEW packages will be INSTALLED: _libgcc_mutex anaconda/cloud/conda-forge/linux-64::_libgcc_mutex-0.1-conda_forge ...
我从conda安装，命令如下：conda install -c bioconda blast 安装过程如下：Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done ==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.8.4 latest version: 4.11.0 Please ...
conda install bioconda::fastp #安装fastp,"yes"后完成安装, which fastp #~/miniconda3/bin/fastp 可以正常使用了 创建独立环境 特殊情况下,想给特定的流程一个独立环境,需要创建一个与其它环境隔离的虚拟环境,操作如下: conda create -n new_env fastp #创建新环境,-n 新环境名字,后面也可以直接写一些软件的...