星号标记的表示是已经安装的版本。要安装其他版本,输入:conda install 软件名=版本号; conda install -c jfear sratoolkit conda install fastqc fastqc #测试是否能正常打开该软件 conda install hisat2 hisat2 -h #测试 conda install samtools samtools -help conda install -c bioconda htseq 编辑于 2018-03...
xz-5.2.4 | h470a237_1 328 KB https://mirrors.tuna./anaconda/cloud/conda-forge samtools-1.7 | 1 1.0 MB https://mirrors.tuna./anaconda/cloud/bioconda libgcc-ng-7.2.0 | hdf63c60_3 6.1 MB https://mirrors.tuna./anaconda/cloud/conda-forge libssh2-1.8.0 | h5b517e9_2 240 KB https:/...
注意:这时会在命令行提示符前有一个(sibling),表示已经在这个环境下 再使用conda install在这个新环境下装软件 /home/lurui/miniconda2/bin/conda install samtools=0.1.19 装完后在命令行直接输入samtools可以看到使用的是0.1.19版的samtools 想要退出sibling环境可以使用以下代码 source deactivate 5. Tips 2.1 用c...
conda install mamba -c conda-forge -y # 安装mamba 除了启动环境外(conda activate xxx),其他的conda命令都可以用mamba来代替,即直接将conda替换为mamba即可。 conda activate rnaseq mamba search samtools # 搜索软件 mamba repoquery search samtools # 这个更快 mamba install samtools # 安装软件 image.png 4...
samtools 1.7 1 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda setuptools 40.2.0 py27_0 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge sqlite 3.24.0 h2f33b56_0 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge ...
会列出多个版本软件,如果不加版本好,安装最新款工具 $ conda search bwa $ conda search bwa Loading channels: done # Name Version Build Channel bwa 0.5.9 0 bioconda bwa 0.5.9 1 bioconda bwa 0.5.9 ha92aebf_2 bioconda #安装软件 ,加-y 后面不和你墨迹 $ conda install -y bwa samtools=1.9 ...
(2)sratoolkit、fastqc、hisat2、samtools、htseq-count、R、Rstudio七个软件的安装 conda安装的默认最新版软件,安装指定版本命令(conda install 软件名 =版本号),查看可选版本命令(conda search 软件名),这里只是简单提一下,不做深入介绍,只是便于小白理解conda命令。下面的一些命令取自于团长的任务帖子和青山屋主...
condacreate-n py2 python=2.7 activate py2 # 使用完毕之后,退出 sourcedeactivate 如果需要特定版本的软件,比如samtools,怎么办? conda install samtools=0.1.19 以上,在生物信息软件中conda的安装和使用,应该都非常清楚了, 详细的使用方法,可以参考conda 的 conda cheat sheet...
conda install -y bwa 【安装最新版本,其他版本需指定版本号;-y 代表后面选项均选 yes】 conda install bwa samtools=1.9 bcftools fastqc fastp -y 【安装多个软件】 conda list 【查看当前环境所安装的软件】 conda update bwa 【更新】 conda remove bwa 【卸载】 ...
## 利用bioconda管理软件conda activate rnaseq# 启动环境condainstall-yfastqc=0.11.7# 安装软件,默认安装最新版本,-y 表示后面选项均选yes,即跳过确认步骤condainstallbwasamtools=1.9bcftools fastp -y# 也可多个软件一起安装 小tips: 安装时找不到这个包咋整?