这个命令的含义是,首先使用 bcftools query 选取输出文件中 SNP 位点的染色体和位置信息,然后使用 shuf 对行进行随机排序,接着使用 head 选取前 1000 行(即 1000 个 SNP 位点),最后使用 sort 对选定的 SNP 位点按染色体编号和位置进行排序,并保存到 selected_snps.txt 文件中。 最后,使用 bcftools view 选取特定...
1. 显示VCF文件的头信息 bcftools view -h sample.vcf##fileformat=VCFv4.2##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed">##bcftoolsVersion=1.5+htslib-1.5##bcftoolsCommand=mpileup -f /public/analysis/ucsc.hg19.fasta -Ou /public/analysis/result/sample.bam##reference=file:///public/analysis/uc...
bcftools view -R id.list snp.vcf.gz >snp.pos.vcf #提取子集 4. 最后就会得到想要(基因)位置的snp/indel信息
$ samtools view abc.bam scaffold1 > scaffold1.sam 提取scaffold1上能比对到30k到100k区域的比对结果 $ samtools view abc.bam scaffold1:30000-100000 $gt; scaffold1_30k-100k.sam 根据fasta文件,将 header 加入到 sam 或 bam 文件中 $ samtools view -T genome.fasta -h scaffold1.sam > scaffold1.h...
应用场景:数据库简化, 比如自建的位点人群频率数据库 运行方式 # -G代表删除FORMAT和各样本的基因型信息 bcftools view -G -Oz -o {out.vcf.gz} {input.vcf.gz} input.vcf.gz示例: out.vcf.gz示例: 希望以上内容对你的工作和学习有所帮助!
bcftools view 用于查看VCF文件的内容,包括样本信息、位点信息、注释信息等 bcftools query 用于提取VCF文件中的信息,可以根据需要选择提取特定的字段或样本信息 bcftools stats 用于生成VCF文件的统计信息,包括变异类型、变异频率、基因型质量等 bcftools merge
过滤不变位点: bcftools view -i "MAC>=0" bcftools view -c 1 -c 1:nonmajor bcftools filter -e "MAC == 0" 提取、合并、删除 提取指定染色体 bcftools view --region chr1,chr5,chr8 input.vcf.gz bcftools query -f "%CHROM\t%POS\n" ...
筛选VCF文件,用法如下 bcftools view view.vcf.gz -s NA00001,NA00002 -o subset.vcf -s参数指定想要保留的样本信息,多个样本用逗号分隔...还可以过滤突变位点,过滤的条件非常多,可以根据突变位点的类型,基因型类型等等条件进行过滤,详细的参数可以参考软件的帮助文档,这里只做一个基本示例 bcftools view view.vcf...
提取过滤后的SNP位点 bcftools view -v snps bcftools_filter.vcf >bcftools_snp_filter.vcf 或者在vcf文件中INFO列里,如果是INDEL的话,会标注出INDEL,因此提取SNP也可以: grep -v 'INDEL' bcftools_fiter.vcf >bcftools_snp_filter.vcf 注: >&&与& 区别:两者都表示“与”运算,但是&&运算符第一个表达式不成...
bcftools 是一个用于操作和处理 VCF/BCF 文件的软件工具集。它是 samtools 工具集的一部分,用于对比对后的 BAM 文件进行 SNP 和 Indel 的检测。bcftools 可...