使用bcftools的view命令提取指定区域内的SNP: 你可以使用bcftools的view命令结合-R参数来指定要提取的区域。以下是一个示例命令: bash bcftools view -R chr1:10000-20000 test.vcf.gz > subset.vcf 这个命令会从test.vcf.gz文件中提取chr1染色体上位置10000到20000之间的SNP,并将结果输出到subset.vcf文件中。
[\t%SAMPLE=%GT]\n' XXX.vcf.gz #%GT是基因型转化为0、1 bcftools query -f '%CHROM\t%POS\t%REF\t%ALT[\t%SAMPLE=%TGT]\n' XXX.vcf.gz #%TGT是基因型转化为ATCG #提取特定染色体位点和样本的信息 bcftools view -r 1:3618 -s LA01,R06 SNP.Filtered.rename_chr.vcf.gz | bcftools query...
bcftools view view.vcf.gz-sNA00001,NA00002-o subset.vcf -s参数指定想要保留的样本信息,多个样本用逗号分隔。 如果样本名称添加了^前缀,代表去除这些样本,比如-s ^NA00001,NA00002,这个写法表示从VCF文件中去除NA00001,NA00002这两个样本的信息。 还可以过滤突变位点,过滤的条件非常多,可以根据突变位点的类型,...
bcftools view -R id.list snp.vcf.gz >snp.pos.vcf #提取子集 4. 最后就会得到想要(基因)位置的snp/indel信息
# 不压缩vcf bcftools sort sample.vcf -o sample.vcf.gz -O v bcftools sort sample.vcf -o sample.vcf.gz -O z # -O 参数 # z: compressed VCF # v: uncompressed VCF 3. 提取VCF的等位基因和基因型信息 # 生成A/G的基因型 bcftools query -f '%CHROM %ID %POS %REF %ALT [ %TGT]\n' ...
Hi, I am using bcftools view -R regions.bed input.vcf.gz to extract only those variants present in regions.bed. However, I get only those variants not present in regions.bed, so exactly the opposite. I really don't know what is going on...
基因型过滤标准:保留双等位基因(biallelic sites)以及次等位基因频率大于0.05的位点: bcftools view --types snps -m 2 -M 2 -q 0.05:minor genotypes.chr22.vcf | bgzip -c > genotypes.c
1bgzip test.vcf2tabix -p vcf test.vcf.gz3bcftools view -R chr_pos.list test.vcf.gz >new.pos.vcf 三、直接提取测序个体样品名 1bcftools query -l test.vcf >ind.list 1head -100 test.vcf |grep"#C"|cut -f10-|xargs -n 1 >ind.list # 不调用软件这样也行 ...
bcftools view -e ‘CHROM~”M” || CHROM~”_” || QUAL<30 || MAX(FMT/GQ)<20 || MAX(FMT/DP)<8 || AVG(FMT/DP)<5 || (COUNT(FMT/GT="het")>10 && MAX(FMT/AD[*:1]/FMT/DP[*])<0.2) || MAX(FMT/AD[*:1]/FMT/DP[*]) < 0.1’ /bi/8.xuxiong/EQA2022/20221019/All.ra...