软件简介 bcftools 是一个用于操作和处理 VCF/BCF 文件的软件工具集。它是samtools工具集的一部分,用于对比对后的BAM文件进行 SNP 和 Indel 的检测。bcftools 可以用于 SNP 和 Indel 的过滤、注释、统计和可视化等操作。 安装方式 bcftools 可以通过以下两种方式进行安装: 1. 通过源代码安装 从bcftools 的官方网站ht...
本篇主要介绍index, view, query, sort, reheader这五个命令。 1. index index命令用于对VCF文件建立索引,要求输入的VCF文件必须是使用bgzip压缩之后的文件,支持.csi和.tbi两种索引,默认情况下建立的索引是.csi格式, 用法如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 bgzip view.vcf bcftools index...
本篇主要介绍index, view, query, sort, reheader这五个命令。 1. index index命令用于对VCF文件建立索引,要求输入的VCF文件必须是使用bgzip压缩之后的文件,支持.csi和.tbi两种索引,默认情况下建立的索引是.csi格式, 用法如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 bgzip view.vcf bcftools index...
软件简介 bcftools 是一个用于操作和处理 VCF/BCF 文件的软件工具集。它是 samtools 工具集的一部分,用于对比对后的 BAM 文件进行 SNP 和 Indel 的检测。bcftools 可以用于 SNP 和 Indel 的过滤、注释、统计和可视化等操作。 安装方式 bcftools 可以通过以下两种方式进行安装: 1. 通过源代码安装 从bcftools 的官方...
bcftools 是一个用于操作和处理 VCF/BCF 文件的软件工具集。它是 samtools 工具集的一部分,用于对比对后的 BAM 文件进行 SNP 和 Indel 的检测。bcftools 可...
bcftools一般更倾向于接受bcf格式,一般需要对vcf进行bcf格式转化、构建索引操作。bcf格式是vcf格式的压缩版本。 可以进行变异查找、bcf、vcf文件处理 1. 在处理前需要对VCF/BCF文件进行bgzip压缩 bcf、bam、tabix格式均采用bgzip压缩格式 # 压缩 bgzip view.vcf ...
query命令也是用于格式转换,和view命令不同,query通过表达式来指定输出格式,可定制化程度更高。用法如下 bcftools query -f '%CHROM\t%POS\t%REF\t%ALT[\t%SAMPLE=%GT]\n' view.vcf.gz 1.
Vcftools:主要用于群体分析,文本处理的功能不是很强大,虽然这个软件也可以拆分样本,但是这种拆分不涉及文件的处理,只是保留在分析流程里。 GATK3.x:这个软件最大的问题就是需要参考基因组,而且序列长度各个方面都要与待处理的文件一致这样就给我们的数据处理带来一定的麻烦。
1. 准备好要提取的染色体及位置信息文件id.list。文件示例如下: Chr1 11787600 11793521Chr1 30028805 30042382Chr1 54966087 54970283Chr1 57228272 ... 1. 准备好要提取的染色体及位置信息文件id.list。文件示例如下: Chr1 11787600 11793521 Chr1 30028805 30042382 ...
做群体变异检测后,通常会有提取子集的操作,之前没有发现bcftools有这个功能,都是自己写脚本操作,数据量一上来,速度真的是让人无语凝噎。这里记录下提取子vcf文件的用法,软件版本:bcftools-1.5 一、根据个体提取子集 根据样品名提取vcf文件,准备要保留的个体名文件 keep.list,一行一个个体(参考第三步)。